在古代六扇门是三法司衙门的别称，在《商子》中有记载：“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。”在不同的朝代，三法司衙门有不同的指代。
例如在汉朝时，指的是廷尉、御史中丞和司隶校尉等到了唐宋两朝时，指的都是大理寺、刑部和御史台，后来到了元代，三法司衙门指的就是大宗正府、刑部和宣政院，而明清两朝则指的是大理寺、刑部和都察院。历朝历代虽指代的机构不同，但都是些具有刑法效力的部门。
为什么三法司衙门不叫三扇门、四扇门或者五扇门而叫六扇门呢？并非是因为古代也崇尚六六大顺的意义，而是因为这六扇门的的确确指的就是衙门墙外的六扇大门。
在古代，大门是极具重要性的，大门前面一般都有照邪驱鬼的照壁，门口大都放有凶狠的石狮子，两侧都有“八字墙”。所以古代的衙门为了展示其威严与地位，都设有六扇大门，这也就是六扇门的来历。
六扇门虽然在明代才广为人知，但实际上早在唐代就已经有了六扇门的雏形。不过都是一些民间传说记载，说在唐代时君主就命令刑部建立“六扇门”秘密基地，专门挑选一些优质敏捷的少年，为除去绿林势力和各种豪强士族做准备。不过后来随着朝廷逐渐走上正轨，中央集权的加强，渐渐地这种秘密组织就被取缔了。
后来在宋代时，六扇门又得到恢复，六扇门中的人大都游走于江湖与朝廷两边，因为其做事的性质和手段，大都作为一个地下组织存在，颇有点我们现在所说的“黑社会组织”的意味。
等到了明朝万历年间，六扇门才变得“正大光明”起来，虽然仍然属于秘密组织，但是属于朝廷之官，在社会上拥有一定的威望和地位。在民间的流传之中，六扇门这一组织颇具神秘色彩，他们行事狠辣，手段残忍，专门负责一些牵扯多种人物关系的大案。
但实际上六扇门虽然在黑白两道都有行动，但在“白”的一边要遵守朝廷的规章制度，按照朝廷的法纪去做事。在“黑”的一边既然要接触江湖中人，那也要遵守江湖的规矩。
要遵守两种不同的规则制度，六扇门想不顾一切地办事也并非那么容易，但是另一方面既有朝廷的支持，又有江湖中人的协助，六扇门中的人做事情还是可以说是如鱼得水。这么一看，六扇门有点儿像连接朝廷与江湖的纽带。
六扇门虽行事凌厉，但却有一个不成文的规矩，那就是进门只允许东进西出，用于集中办理政务的官署外的门就是衙门的“门面担当”仪门，在平常的时候开着的时间不长，大多的时候都是关着的。