寇恂出身世家大姓。 年轻时任郡功曹。 太守耿况很器重他。
王莽败亡， 更始新立， 派遣使臣巡行郡国， 声言： “先降者复爵位”(《后汉书·寇恂列传》)。 耿况带领寇恂， 到边界恭迎使臣， 并按规定交上印绶。 然而， 使臣收取印绶后， 过了一夜， 仍然没有归还之意。 寇恂大怒， 勒兵入见使臣， 请还印绶。 使臣不给， 并且说： “天王使者， 功曹欲胁之邪？”寇恂说： “非敢胁使君， 窃伤计之不详也。 今天下初定， 国信未宣， 使君建节衔命， 以临四方， 郡国莫不延颈倾耳， 望风归命。 今始至上谷而先堕大信， 沮向化之心， 生离畔之隙， 将复何以号令它郡乎？且耿府君在上谷， 久为吏人所亲， 今易之， 得贤则造次未安， 不贤则秖更生乱。 为使君计， 莫若复之以安百姓”(《后汉书·寇恂列传》)。 使者不应， 寇恂当即大声命令手下， 以使臣名义召见耿况。 耿况进见， 寇恂抢步向前取回印绶交给他， 使臣见事已如此， 只好承制命耿况仍任原职。
后王郎在邯郸起事， 派将领徇行上谷， 逼迫耿况发兵响应。 寇恂与门下掾闵业一起向耿况进言： “邯郸拔起， 难可信向。 昔王莽时， 所难独有刘伯升耳。 今闻大司马刘公， 伯升母弟， 尊贤下士， 士多归之， 可攀附也。 ”耿况犹豫难决， 说： “邯郸方盛， 力不能独拒， 如何？”寇恂回答： “今上谷完实， 控弦万骑， 举大郡之资， 可以详择去就。 恂请东约渔阳， 齐心合觽， 邯郸不足图也”(《后汉书·寇恂列传》)。 耿况采纳了他的主张， 派他到渔阳， 与彭宠结盟。 寇恂由渔阳归来， 到昌平， 袭击邯郸使臣， 杀死了他， 夺其军， 然后跟耿况之子耿弇到广阿去投奔刘秀。 刘秀任命寇恂为偏将军， 赐号承义侯。 让他随军征战。 寇恂在军中， 多次与邓禹谈论军国大事。 邓禹认为他有过人之才， 于是杀牛把酒， 结为好友。
刘秀南定河内。 想命将留守。 但考虑到更始帝的大司马朱鲔盛兵据洛阳， 并州也未平定等因素， 一时想不出合适的人选。 于是， 便去征询邓禹的意见。 邓禹说： “昔高祖任萧何于关中， 无复西顾之忧， 所以得专精山东， 终成大业。 今河内带河为固， 户口殷实， 北通上党， 南迫洛阳。 寇恂文武备足， 有牧人御觽之才， 非此子莫可使也”(《后汉书·寇恂列传》)。 于是， 刘秀便任命寇恂为河内太守， 行大将军事。 刘秀对寇恂推心置腹， 殷殷嘱托： “河内完富， 吾将因是而起。 昔高祖留萧何镇关中， 吾今委公以河内， 坚守转运， 给足军粮， 率厉士马， 防遏它兵， 勿令北度而已”(《后汉书·寇恂列传》)。