秦始皇由于实行严酷法律，引起了士人的不满，纷纷指责秦始皇。已经升任丞相的李斯主张严厉镇压这些胆大妄为的士人，他给秦始皇写了一封奏疏，要求进行焚书。即除了《秦记》之外的所有史书一律烧毁，全国百姓和士人私自收藏的经书和诸子百家的典籍，也全部由官府统一烧毁。敢再违抗命令，议论政事的人一律处死。如果官吏知情隐瞒不报，也和藏书的人同等治罪。除了少数史书之外，其他的最后只留下了关于农业、卜筮和医药的书籍。
秦始皇同意了李斯的意见，下令全国进行焚书，这是对中国文化的一次清洗，和法律一样是秦朝暴政的集中体现。
只烧掉书籍并不能堵住士人的口，反而激起更大的反抗，百姓和士人对秦始皇的暴政怨愤异常，对他不利的言论遍布天下。这使秦始皇勃然大怒，派出御史到全国各地追查，最后抓到四百六十多人，秦始皇下令一块押到骊山的山谷中，全部坑杀，也就是活埋。因为这些人绝大部分是儒生，所以被后人称为“坑儒”。
焚书坑儒是秦始皇无法抹去的一大污点，极大地抵消了他统一全国的历史功绩。
不仅是焚书坑儒，秦始皇的暴政还体现在大兴土木，修建阿房宫导致民怨沸腾。
秦始皇很喜欢六国华丽的宫殿，所以，每当灭掉一个国家，他都要让人将宫殿的图画下来，然后在咸阳照样仿造。等全国统一了，他还曾经想造一个最大的苑囿，西起雍、陈仓（现在陕西凤翔和宝鸡地区），东面延伸到函谷关（现在河南灵宝），长达千里。最后被秦始皇的侍从、侏儒优旃（音沾）劝止。优旃对秦始皇说：“这样可太好了，有了这么辽阔的皇苑，我们可以多放养些猛兽，如果六国的后裔有人敢从东方进攻，就把这些猛兽赶出去将他们吓跑。”秦始皇一听，不禁大笑，于是就打消了建这个巨大苑囿的打算。
最大的苑囿没有建成，但秦始皇却建了其他很多的宫殿，单单咸阳的周围就建有宫殿二百七十多座，行宫在关外有四百多座，关内三百多座。在这些宫殿中，最大最有名的还是阿房宫。因为在秦末已经被项羽烧毁，所以其规模究竟有多大，现在无法估计，但根据历史记载，光阿房宫的前殿的东西就宽达五百步，大约相当于七百米。南北有五十丈，相当于一百一十五米。殿的门用磁石砌成，主要是用来防止人带兵器行刺。在殿门前排列著十二个铜人，即用没收民间兵器熔铸而成的那十二个铜人。
在秦始皇死在出巡的路上时，阿房宫还没有建成，这个巨大的工程，每年都要调用民工七十万人。另一个宏大的工程是修建秦始皇自己的骊山墓，每年也用工七十多万人。加上其他的用工，如修建长城，修弛道，常年的兵役征发，致使秦朝每年服役的人达三万之多，男子征发不足使用，有时还要征发女子。秦朝因为实行法治，反对儒家思想，没有像后来那样限制妇女从事公众活动。儒家主张和长辈同住，以便尽孝，秦则要成家的男子和父母分居，这样国家可以按照户数多收赋税。
苛捐杂税，加上严酷的法律，使人民生活如同水深火热，由于原来的秦国变法，被东面其他国家称为“虎狼之国”，现在统一后，暴政使秦朝真成了“虎狼之国”。人民动不动就触犯了法律，处罚也相当严厉，特别是当时的野蛮的肉刑制度，常将犯人的脚砍断，造成大量的残废人。原来百姓渴望统一，结束无休止的战争，是想从此过上安宁的日子，现在秦的暴政让他们失望至极，秦的民心丧失是它迅速灭亡的主要原因。
秦始皇的长子扶苏曾经劝说过秦始皇：“现在天下刚刚安定，但远处的民众还没有彻底安定，士人们现在也都在推崇儒家的主张。父皇这样用严酷法律治理天下，儿臣担心会令天下不稳。希望父皇能认真考虑，改变政策，安定人心。”秦始皇听不进扶苏的话，反而斥责扶苏多事。最后，秦始皇将扶苏派到北面边境的军队里做监军，和大将蒙田一起抵御匈奴。
秦始皇不听劝告，仍在一意孤行，秦在民众的诅咒下气数将尽。楚国旧地的民谣中有了“楚虽三户，亡秦必楚”的说法。在公元前221年，即秦始皇三十六年，在秦的东郡（现在河南濮阳）有一块陨石坠落，于是有人便趁机在上面刻了诅咒秦的一句话：“始皇帝死而地分”。秦始皇得到消息，火冒三丈，派御史严厉追查刻字的人，但最终也没有查出来。御史便将附近的住户全部处死，又将刻有字的陨石毁坏。但这丝毫不能挽救秦朝灭亡的命运。