政治制度方面：
郡县制：商鞅变法时推行县制，将全国划分为若干个县，由国君直接委派官员进行管理，加强了中央对地方的控制。秦国统一六国后，秦始皇采纳了这一中央集权思想，将郡县制推广到全国，把全国划分为 36 个郡（后扩展至 40 余个郡），每个郡下设若干县，郡县长官均由皇帝任命，这一制度成为后世地方行政制度的基础，对中国历史产生了极其深远的影响。
官僚制度：商鞅变法废除了世卿世禄制，建立了以军功和才能为依据的选拔制度。秦国统一后，依然延续了这种选拔方式，官员的任免依据个人的功绩和才能，而非血缘关系，使得秦国能够选拔出大量有才能的官员，为国家的治理提供了有力的支持。
经济制度方面：
土地私有制：商鞅变法 “废井田、开阡陌”，以法律的形式确认了封建土地私有制，允许土地自由买卖。这一制度在秦国统一六国后继续推行，土地私有制的确认激发了农民的生产积极性，促进了农业的发展，也为国家的税收提供了稳定的来源。
统一度量衡：商鞅变法时统一了秦国的度量衡制度，这一举措在秦国统一后继续在全国范围内推行。统一度量衡有利于商品的交换和流通，加强了国家对经济的管理和控制，促进了经济的发展。
军事制度方面：
奖励军功：商鞅变法建立的奖励军功制度在秦国统一后得以延续。这一制度激发了士兵的战斗热情，使得秦国军队保持了强大的战斗力，对于维护国家的统一和稳定具有重要意义。秦国统一后，依然通过军功来授予爵位和赏赐，鼓励人们为国家效力。
不过，随着时间的推移和历史的发展，秦国在统一六国后也对一些制度进行了调整和完善，以适应新的统治需要。但总体而言，商鞅变法的制度为秦国的统一和后续的统治奠定了坚实的基础，对中国历史的发展产生了深远的影响。