锦衣卫是朱元璋的一大发明。《明史·刑法志》说：“刑法有创之自明，不衷古制者，廷杖、东西厂、锦衣卫镇抚司狱是已。是数者，杀人之惨而不丽于法，踵而行之，至没造而极。举朝野命，一听之武夫宦竖之手，良可叹也！”大意是说，刑法方面明朝独创的有三样：一是廷杖（在宫廷之上杖责官员），二是建立由宦官掌控的特务机构东厂、西厂，三是建立军事特务机构锦衣卫以及它所附属的镇抚司诏狱。
这三样之中，廷杖、锦衣卫是明太祖朱元璋的发明，东厂是他的儿子明成祖朱棣的发明，西厂则是明宪宗的发明，此外，明武宗还发明了凌驾于东厂西厂之上的内厂（内行厂）。不过西厂、内厂（内行厂）存在的时间很短，东厂、锦衣卫一直延续到明朝灭亡。它们互相配合，二位一体，当时人称为“厂卫”。
为什么说锦衣卫是一大发明呢？明朝的军队编制不同于前朝，称为“卫所”。五千六百人为一个卫，下辖若干个所，一千一百二十人为一个千户所，一百一十二人为一个百户所。卫的长官是指挥使（正三品），所的长官是千户（正五品）、百户（正六品）。
在诸多“卫”中，有号称“上二十二卫”的亲军，它的职掌与其他各卫不同，地位很高，其中的锦衣卫地位更高。
锦衣卫出现以前有“仪銮司”、“亲军都尉府”。洪武十五年，废除仪銮司、亲军都尉府，建立锦衣卫。它的职掌与其他卫有所不同，简单说来就是两大任务：一是“直驾侍卫”，一是“巡察缉捕”。
所谓“直驾侍卫”，就是承担皇帝与皇宫的警卫保驾任务，这是它的日常勤务。每逢圣节（皇帝诞辰）、正旦（正月初一）、冬至，举行的三大朝会，以及每天的常朝（皇帝上朝与官员议政），还有举行祭祀等仪式，皇帝的出入，都有锦衣卫官兵扈从、侍卫。
所谓“巡察缉捕”，就是“缉捕京城内外盗贼”。锦衣卫专设“镇抚司”，直接承办皇帝交付的重案要案，捉拿人犯，审判关押，特设“诏狱”，意思是遵照皇帝的诏令查处人犯的监狱。镇抚司诏狱的司法权力，来自皇帝，凌驾于政府的司法部门之上。政府的司法部门——“三法司”（刑部、大理寺、都察院）不得干预锦衣卫镇抚司。这是开国皇帝朱元璋“法外用刑”的结果。
朱元璋为什么要设立锦衣卫以及它的附属机构镇抚司呢？
明史专家吴晗在《朱元璋传》（1949年版）中这样回答道：“这一批并肩作战，骁悍不驯的将军们，这一群出身豪室的文臣，有地方势力，有社会声望，主意多，要是自己一咽气，忠厚柔仁的皇太子怎么对付得了？到太子死后，太孙不但年轻，还比他父亲更不中用，成天和腐儒们读古书，讲三王道理，断不是制驭枭雄的角色。他要替儿孙斩除荆棘，要保证自己死后安心，便有目的地大动杀手，犯法的杀，不犯法的也杀，无理的杀，有理的也杀。锦衣卫的建立，为的是便于有计划地栽赃告密，有系统地诬告攀连，有目标地灵活运用，更方便地在法外用刑。各地犯重罪的都解到京师下北镇抚司狱，备有诸般刑具，罪状早已安排好，口供也已预备好，不容分辩，不许申诉，犯人唯一的权利是受苦刑后书字招认。不管是谁，进了这头门，是不会有活着出来的奇迹的。”分析得入木三分，鞭辟入里！特别值得注意的是，他强调锦衣卫的职能：有计划地栽赃告密，有系统地诬告攀连，有目标地灵活运用，更方便地法外用刑。锦衣卫是个什么东西，答案已经非常清楚了。
清朝官方编纂的《明史》，其中的《刑法志》有不少篇幅涉及锦衣卫，它说：“锦衣卫狱者，世所称诏狱也……太祖时，天下重罪逮至京师者，收系狱中，数更大狱，多使断治，所诛杀为多。”当时令人噤若寒蝉的“胡惟庸党案”、“李善长党案”、“蓝玉党案”，先后杀戮四万多人，就是锦衣卫一手操办的。后来这位太祖高皇帝大概意识到，“法外用刑”并非守成之君所用常法，下令撤销镇抚司诏狱，烧毁刑具，囚犯移送刑部处理。
燕王朱棣发动军事政变，把建文帝赶下台，自己当上皇帝。由于名不正言不顺，遭到建文旧臣的强烈反对。为了肃清政敌，钳制舆论，他恢复了镇抚司诏狱。永乐初年，再度重现洪武年间的恐怖气氛，由“诛九族”发展到“诛十族”。受株连而处死的不仅有直系亲属、旁系亲属，外加朋友门生一族，还出现了“瓜蔓抄”，把案犯家乡的村庄化作废墟，没有一人得以幸免。这些都是锦衣卫的杰作。迁都北京以后，朱棣另外建立一个由亲信太监掌控的东厂，目的是“刺臣民隐事”，并且负有监督锦衣卫的使命。
锦衣卫的头目，在《明史》中有小传的，不是列入“佞幸传”，就是列入“阉党传”。在“佞幸传”的有纪纲、门达、逯杲、江彬、钱宁、陆炳；在“阉党传”的有田尔耕、许显纯。这些人都是宵小之徒，靠卧底、告密而发迹，为皇帝惩治不同政见者不遗余力，加官晋爵之后，气焰嚣张，收受贿赂，敲诈勒索，无恶不作。
魏忠贤专权厂卫横行达巅峰
关于锦衣卫或者厂卫的斑斑劣迹，可以说贯穿于整个明朝，而且愈演愈烈。到了熹宗天启年间，厂卫横行达到巅峰，司礼监秉笔太监魏忠贤兼任东厂总督，利用明熹宗朱由校的昏庸，专权乱政。他手下的十员干将，号称“五虎”、“五彪”。所谓“五虎”，是中央政府的文职高官崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕，为魏忠贤出谋划策。所谓“五彪”，是具有军职的高官田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元，充当魏忠贤的打手与屠夫。
魏忠贤为了镇压“东林党人”，屡兴大狱，如“六君子之狱”、“七君子之狱”。当时人描写的镇抚司诏狱的酷刑，令人毛骨悚然。进入诏狱，首先就是“拷问”，分三个档次：轻的叫做“打着问”,重的叫做“好生打着问”，更重的叫做“好生着实打着问”。接下来是用酷刑逼取口供，每次用刑“一套”，包括十八种，如械、镣、棍、拶（夹手指）、夹棍等。
明末文人黄煜写了一本《碧血录》，逐日记录“六君子”入狱后，遭受严刑拷打的惨状：入狱当天，各打四十棍，拶敲一百下，夹棍五十下。提出审讯时，由两名狱卒挟持左右，佝偻而行，“一步一忍痛，声甚酸楚”。杨涟、左光斗、魏大中都用“全刑”，杨涟“大号而无声”，左光斗“声呦呦如小儿”。左光斗的门生史可法化装潜入狱中探望，左光斗已经面目焦烂，难以辨认，左膝以下筋骨全部断裂。杨涟、左光斗、魏大中的尸体，用被褥、苇席包裹，从诏狱后门拖出，尸体腐烂，“臭遍街衢，尸虫沾沾坠地”。
崇祯皇帝朱由检即位后，严惩魏忠贤及其阉党，魏忠贤畏罪自缢，他的爪牙田尔耕、许显纯等也被押上断头台。