相同点：
目的方面：
都有收复中原的愿望：祖逖和桓温进行北伐的主要动机中都包含收复中原失地的目标。西晋灭亡后，北方地区陷入少数民族政权的统治，祖逖目睹中原百姓遭受苦难，怀着强烈的爱国情怀和民族责任感，毅然踏上北伐之路，立志恢复晋朝在中原的统治。桓温也是看到北方战乱频繁、东晋有可乘之机，希望通过北伐来扩大东晋的领土，收复中原故土，提升自己的威望和地位。
背景方面：
东晋朝廷内部矛盾的影响：两人进行北伐时，东晋朝廷内部都存在着各种矛盾和斗争，这在一定程度上影响了北伐的进程和结果。祖逖北伐时，东晋朝廷刚刚建立，内部门阀士族争权夺利，对北伐的支持力度有限，祖逖基本上是独自艰难作战。桓温北伐时，东晋朝廷内部同样存在着政治斗争，而且桓温本人权势过大，也引起了朝廷的猜忌和其他势力的抵制，使得他在北伐过程中受到了诸多掣肘。
结果方面：
最终都未实现彻底的胜利：祖逖北伐取得了一定的战果，收复了黄河以南的大片地区，但由于东晋朝廷的不信任和内部矛盾，最终未能继续推进，在祖逖死后，北方地区又被少数民族政权占领。桓温进行了三次北伐，虽然在第二次北伐中收复了洛阳，但随后又被前燕夺回，第三次北伐更是以失败告终，没有实现收复中原的目标。
不同点：
个人动机的纯粹性：
祖逖更为纯粹：祖逖北伐是出于对国家和民族的忠诚，以及对中原百姓的同情，他的动机非常纯粹，一心只想收复失地，拯救百姓于水火之中。他自己招募士兵、筹集物资，不畏艰难困苦，为北伐事业付出了巨大的努力。
桓温有政治野心因素：桓温北伐除了有收复中原的愿望外，还夹杂着个人的政治野心。他希望通过北伐提升自己的威望和权势，为日后篡夺东晋政权奠定基础。例如，在第二次北伐成功收复洛阳后，桓温的声望大大提高，进一步掌握了东晋的朝政大权。
军事指挥和策略：
祖逖善于利用矛盾：祖逖精于用兵，善于利用敌人之间的矛盾分化对手，化敌为友。他能够团结黄河以南的一些豪强武装，让他们服从自己的指挥，共同对抗北方的少数民族政权。例如，他调解了赵固、上官巳、李矩、郭默等豪强武装之间的矛盾，使他们都为自己所用。
桓温决策有失误：桓温在北伐过程中，军事指挥和决策方面存在一些失误。比如在第一次北伐中，他在占据灞上后没有乘胜追击，而是选择与前秦军相持，结果错失了战机，导致前秦军队得以坚壁清野，使晋军陷入缺粮的困境。第三次北伐时，他没有听从郗超的建议，执意进军，最终导致粮道被截断，不得不退兵。
历史影响：
祖逖是精神榜样：祖逖北伐的精神对后世产生了深远的影响，他成为了东晋北伐的最高典型，激励着后来的仁人志士为了国家的统一和民族的尊严不懈奋斗。他的爱国精神和坚定信念被人们所敬仰，成为了中华民族精神的重要组成部分。
桓温引发争议：桓温北伐在一定程度上提升了东晋的士气和威望，但由于他的政治野心和北伐过程中的一些问题，也引发了不少争议。他的行为被一些人认为是为了个人私利，而非真正为了国家的统一和民族的复兴，对东晋的政治局势产生了一定的负面影响。