祖逖北伐过程中遇到了诸多困难和挫折，主要包括以下方面：
东晋朝廷方面：
支持力度不足：司马睿建立东晋后，心思主要放在稳固新政权上，对北伐并不积极。他虽任命祖逖为奋威将军、豫州刺史，但只给予千人粮饷、三千匹布帛，不提供充足的兵力、武器等实质性支持，导致祖逖的北伐力量在初期非常薄弱，只能自行招募士兵、铸造兵器，艰难开展北伐行动。
内部权力斗争的干扰：东晋朝廷内部皇族与世族争权夺利，政治斗争激烈。祖逖北伐取得一定成果后，晋元帝任命戴渊为征西将军，节制祖逖北伐，祖逖变成了副手，被削夺了军权。这使得祖逖对东晋王朝感到失望，认为收复北方无望，内心忧郁，极大地影响了北伐的进程。
敌人势力方面：
北方政权林立且实力较强：当时北方地区存在多个割据政权，如后赵等。后赵是石勒所建，石勒壮健雄武，善于骑射，其统治下的后赵军事力量不容小觑。这些政权经过一段时间的发展和整合，已经具备了较强的实力，在兵力、物资等方面都有一定的优势，给祖逖的北伐带来了巨大的阻力。
少数民族骑兵的优势：北方少数民族多以骑兵为主，机动性和战斗力较强。相比之下，祖逖的北伐军在兵种上处于劣势，在与少数民族军队的对抗中面临着较大的困难。
内部矛盾方面：
与坞主之间的矛盾：当时北方存在众多由流民帅、本地豪强大族充当坞主的坞壁共同体，他们集结汉人流民，修筑坞堡以求自保。这些坞主之间各自为战，情况复杂，根本分不清哪些是敌，哪些是友。祖逖派出参军殷乂与坞主张平、樊雅交涉时，殷乂因言语不当，引发冲突，导致张平起兵固守，祖逖与张平成为敌人。后来虽用离间计消灭了张平，但与坞主之间的矛盾始终是北伐过程中的不稳定因素。
将领之间的矛盾：豪强武装赵固、上官巳、李矩、郭默等相互攻战，虽祖逖派人说明利害进行调解，使他们都服从自己的指挥，但内部矛盾依然存在，随时可能影响北伐的局势。
资源匮乏方面：
粮草补给困难：北伐需要大量的物资支持，尤其是粮草。由于东晋朝廷支持有限，祖逖的北伐军在资源方面一直比较匮乏，难以维持长期的战争消耗。在战争过程中，经常面临着粮草短缺的问题，影响了士兵的战斗力和士气。
兵器装备不足：兵器装备是战争胜利的重要保障，然而祖逖在北伐初期，兵器装备严重不足，只能在江阴设冶开炉，铸造兵器，这在一定程度上影响了北伐军的战斗力和作战效率。