祖逖北伐最终失败的原因主要有以下几方面：
东晋朝廷的制约：
支持有限：司马睿建立东晋后，心思主要放在稳固新政权上，对北伐并不积极。虽然任命祖逖为奋威将军、豫州刺史，但只给予千人粮饷、三千匹布帛，没有给予充足的兵力、武器等实质性支持，导致祖逖的北伐力量在初期非常薄弱，只能依靠自己招募士兵、铸造兵器，艰难地开展北伐行动。
内部权力斗争的干扰：东晋朝廷内部存在皇族与世族争权夺利的情况，政治斗争激烈。祖逖北伐取得一定成果后，晋元帝任命戴渊为征西将军，节制祖逖北伐，祖逖变成了副手，被削夺了军权。这使得祖逖对东晋王朝感到失望，认为收复北方无望，内心忧郁，极大地影响了北伐的进程。
敌人势力强大：
北方政权林立且实力较强：当时北方地区存在多个割据政权，如后赵等。后赵是石勒所建，石勒壮健雄武，善于骑射，其统治下的后赵军事力量不容小觑。这些政权经过一段时间的发展和整合，已经具备了较强的实力，在兵力、物资等方面都有一定的优势，给祖逖的北伐带来了巨大的阻力。
少数民族骑兵的优势：北方少数民族多以骑兵为主，机动性和战斗力较强。相比之下，祖逖的北伐军在兵种上处于劣势，在与少数民族军队的对抗中面临着较大的困难。
祖逖自身力量的不足：
兵力有限：祖逖最初率领的是自己的宗族部曲百余家渡江，后来虽然不断招募士兵，但总体兵力与北方政权相比仍然较少。在战争中，兵力的不足使得祖逖在进攻和防守时都面临着较大的压力，难以迅速扩大战果或稳固占领的地区。
资源匮乏：北伐需要大量的物资和资金支持，包括粮食、武器、装备等。由于东晋朝廷的支持有限，祖逖的北伐军在资源方面一直比较匮乏，难以维持长期的战争消耗。这不仅影响了士兵的战斗力和士气，也限制了北伐军的发展和扩张。
内部矛盾和不稳定因素：
东晋内部士族之间的矛盾：东晋时期，士族势力强大，不同士族之间存在着矛盾和利益冲突。祖逖作为北来的次等士族，在东晋门阀体制中处于较为尴尬的地位，受到高门士族和吴姓士族的排挤和防范。这种内部的矛盾和不团结，使得祖逖在北伐过程中难以得到其他士族势力的有力支持。
与坞主之间的矛盾：当时北方存在众多由流民帅、本地豪强大族充当坞主的坞壁共同体，他们是北方社会基层较为普遍的组织形式。祖逖北伐需要争取这些坞主的支持，但由于祖逖北伐具有兼并战争的性质，会侵犯一些坞主的经济利益，导致部分坞主与祖逖反复为敌，甚至转而投靠石勒，换取军事支持