秦日纲被处死主要是因为天京事变。以下是具体的原因分析：
受洪秀全密令参与诛杀杨秀清：1856 年，杨秀清居功自傲，逼洪秀全封他为 “万岁”，这严重威胁到了洪秀全的地位。洪秀全密令韦昌辉、秦日纲等人回京相救。秦日纲接到洪秀全的命令后，带领军队回到天京，参与了对杨秀清及其部属的屠杀行动。这次屠杀导致杨秀清及其手下数万人被杀，给太平天国带来了巨大的震动和损失。
天京事变后续的政治清洗需要：韦昌辉在诛杀杨秀清的过程中，杀戮过度，引起了天京城内其他将领和士兵的不满。洪秀全为了平息众怒，又处死了韦昌辉。而秦日纲作为参与天京事变的主要将领之一，也难以逃脱被清算的命运。为了稳定天京的局势，洪秀全需要对参与事变的将领进行处理，秦日纲也就成为了被处死的对象。
总的来说，秦日纲被处死是天京事变这一太平天国领导集团内部矛盾激化的结果。这一事件使得太平天国元气大伤，成为太平天国由盛转衰的转折点。