李三才是明朝中后期大臣，家族世代继承军官职位，祖籍陕西临潼，后落籍顺天府通州，此后在这里长大。
万历二年，李三才高中进士，初授户部主事，不久升户部郎中。初生牛犊不怕虎，刚刚进入官场的李三才和其他人一样，都期望能大显身手，一展抱负。
万历十一年，阁臣张四维和申时行的儿子在科举考试中都中第，遭到御史魏允贞的弹劾。魏允贞以“不当以甲第私其子，蹈故相张居正覆辙”为由弹劾申时行和张四维，不了受到明神宗的指责，并且将他外放。
李三才当时愤于魏允贞得到这样的对待，于是站出来维护魏允贞，也遭到明神宗斥责，贬为山东东昌推官。虽然官职是下降了，但是李三才此举却引得朝中许多官员的钦佩，此后名声大振。
在东昌任职期间，雷厉风行，受到百姓爱戴。后来不久，升任南京礼部郎中，当时魏允贞和邹元标等人也在南京当职，三人成为知己。此后的几年时间里，李三才仕途有升有降，任过山东佥事、河南参议，进为副使，先后两次管理山东、山西学政，最后被提拔为南京通政司参议，召任大理寺少卿。
万历二十七年，以以右佥都御史总督漕运。当时明朝政治混乱，朝野上下水生火热的大势已经形成。播州、朝鲜战火不断，对内明神宗不理政事，沉迷享乐。不仅仅是大地主大官僚对百姓剥削严重，就连明神宗本身也派出大量的矿监税使，搜刮民脂民膏。
李三才任职之时，无法阻止此事的发生。对下与这些矿监税使虚与委蛇，镇压农民反抗运动，对上呈上奏疏劝诫皇帝。不过这些奏疏，最终都被明神宗以老办法——“留中”，而不了了之。
李三才在万历年间曾经多次针对矿监税使问题，与明神宗对上，但是都未曾得到满意的结果。后来他有上书弹劾内阁首辅沈一贯，反而使得自己陷入两难的境界。
明神宗和沈一贯不止一次的想找借口，将李三才给处置了。但是李三才交际能力出众，与人交好，朝中官员不少都与李三才是莫逆，感情深厚。李三才每每遇到被明神宗问罪的时候，都有人站出来力挺，所以一直没有被问罪罢职。
天启元年，努尔哈赤带兵侵犯，攻占辽阳，国家陷入危难之际。当时天启帝下令，选取有才之人。御史房可壮连疏请用三才，皇帝于是命诏廷臣集议。
李三才当时为外官，并不是言官，因此这个想法一出，就遭到了不少人的反对。通政参议吴殿邦力言不可用，同时弹劾李三才。御史刘廷宣又站出来，大力推荐李三才，说：“国家既惜其才，则用之耳，又何议，然广宁已有王化贞，不若用之山海。”于是明神宗就想任用李三才了。
然而这个时候，又有一大批人站出来，说绝不可用李三才。可用不可用，一时间僵持不下，这事儿最后拿不出一个章程来，就只能作罢。
天启三年，李三才被起用为南京户部尚书。但最后未能到任，因为他在前往任职的路上去世。
天启年间，以魏忠贤为首的阉党掌控朝政，与东林党人对上。
阉党之中的御史十三追劾，于是李三才被削籍多封诰。一直等到崇祯帝上位，铲除了以魏忠贤为首的阉党之后，李三才才恢复。