周起元是明代官员，为官清廉刚正，东林党人，万历年间进士。后来因为弹劾阉党官员，遭到魏忠贤记恨，被诬陷下狱而亡。
周起元，字仲先，号绵贞，福建海澄，生于隆庆五年，万历二十八年取乡试第一，二十九年进士及第入仕，天启六年被阉党迫害。
周起元初授江西浮梁知县，正值当地好枪阴谋吞并书院。周起元秉公执法，坚决反对，才保住书院。后来又改南昌知县，同样以廉洁奉公出名。
万历三十八年，担任地方官员多年的周起元被选为御史，赴京待命。周起元本来要被授为湖广道御史，但是正好遇见京官考核的重要时机，被卷入党争漩涡，一直等了两年才被任命。
万历四十年，为湖广御史，奉命巡视湖光道漕运。沿路巡视勘察，疏通河道，修缮漕运的基础设施。
万历四十一年，原本告假居家的方从哲不经廷议而官吏部左侍郎。周起元上书反对，因此得罪了支持方从哲的齐、楚、浙诸党，后来又得罪吏部尚书赵焕。
不久之后，周起元奉命巡按陕西，随即调为广西参议，分守右江道。当时柳州一带闹灾荒，百姓们饭都吃不起，也就不管当良民还是反民了。他们聚集在一起，抢粮闹事。当地官员，把他们当作盗贼对待，实行武力镇压。周起元得知此事后，力主开仓赈灾，安抚百姓，最终平息了骚乱。
因为在广西一带的政绩，周起元升为四川副使，还不等上任就传来辽阳被清军攻占的消息，于是又改任通州参政。
天启三年，周起元为太仆少卿。当时有刑部侍郎邹元标和左都御史冯从吾创办首善书院，因为书院不仅教授知识，还经常指摘朝政，因此招来朝中一些官员的记恨。当时有兵科给事中上书，请求废止首善书院，周起元从回京之后，就经常造访书院，对于书院的创办持支持态度。朱童蒙上书请求废止，周起元当即上书为书院辩解。在大家的共同努力之下，书院最终得到保存。
天启四年，周起元升任右佥都御史。当时正好遇见苏松等地发生大水灾，周起元上书请求疏通河道，朝廷不允。天启年间，明熹宗派出矿监税使，这些人打着旗号的剥削百姓，深受朝中清正大臣的痛恨。当时吴中有一位叫李实的税监十分贪婪，给当地百姓造成极大危害。于是周起元上书弹劾李实，因此得罪阉党。
不久之后，早先被贬官的朱童蒙投靠魏忠贤，周起元由此上了阉党的黑名单。一旦动作，周起元绝对是要被铲除的人物之一。
天启六年，周起元被阉党官员诬陷侵吞国库钱银十余万。当时市井百姓有闻，若是能退换这笔钱，就可保周起元安然无恙。于是大家纷纷投资捐钱，没几天就集齐了。士民如数交迄，缇使也为之感动。
然而百姓们的善举，最终还是没有救回周起元。周起元被押解入京之后，落入都指挥佥事许显纯之手。此人心狠手辣，是阉党的中坚人物，前六君子杨涟等人就是死于此人之手。
周起元被关进监狱之后，受到许显纯酷刑折磨，屈打成招，最后受刑而亡。一直等到崇祯帝继位，周起元冤屈才得以昭雪，赠兵部右侍郎，官一子，追谥忠惠。