李因笃是明末清初之际，著名的思想家、教育家和诗人，与李颙、李柏合称为“关中三李”，在经学方面有很高的教育。
明崇祯五年，李因笃在陕西富平县出生，父亲是当地有名的学者，是明末关学儒宗冯从吾的得意门生。不过在李因笃出生两年之后，其父李映林就因为患病去世。也是在这一年，由李自成带领的农民军攻占富平，韩家村被围，祖母杨氏带领族人八十一人自焚而亡，全了忠君之气节。
当时李因笃正好和弟弟李因材随母亲去了外祖父家，等到他们回来的时候，发现家烧的一片灰烬。于是母子三人，此后唯有借居在外祖父家。
李因笃的外祖父，也是一位有才学之人。在李因笃小的时候，使李因笃得以受到良好教育。而李因笃自幼聪慧，很有天分，五岁的时候开始就学习经史，而过目不忘。七岁的时候，取其父遗书及冯从吾小像言：“此孔孟真传，若父畴昔之潜心从事者也，小子从此自励，若父为不亡矣。”李因笃于是继承父志，昼夜学习，手不释卷，“八岁能文章，出语辄惊人”，八岁中县试第一，入庠学习，时人称之为“神童”。
有这样的天分，李因笃却完全无心于科举之学，开始专心求学，“以力追先贤”。
崇祯十七年，明朝被李自成覆灭，不久之后，吴三桂引清军入关，李自成又败于清军之手。于是北京就落入清军手中，清朝开始统一中国的作战。当时李因笃十三岁，却也感于亡国之痛，立志反清复明。
顺治五年，十八岁的李因笃外出游历。顺治六年，在苏生紫、赵一鹤的推荐下，到代州知州陈上年间担任塾师。后来陈上年调任雁平道，李因笃也跟随前往，与昆山学者顾炎武、太原傅青主、粤东屈大钧和他结为至交。
此后李因笃与顾炎武两人，在陈上年的庇护下，开始召集四方志士，垦荒种田，以图复明之举。康熙六年，陈上年离职，李因笃携妻归家。康熙七年，顾炎武卷入文字狱，李因笃等人多方奔走营救。
康熙十七年，清政府延揽人才，为巩固自己的统治基础，缓和与汉士族的敌对情绪，开博学鸿词科、诏举文行兼优之士。李因笃当时早就是四方闻名的学者，曾经与顾炎武等人以布衣之身，引四方名士隐从，所以当年就受到内阁学士项景襄、李无馥、大理少卿张云翼等人的举荐。
康熙对他也早有闻名，称李因笃秀水朱彝尊、慈溪姜宸英、无锡严绳孙为“四布衣”，“必欲致之”。上令下从，康熙有这样的想法，下方的官员自然会尽力满足。李因笃因此受到当地官员的百般催促，希望他能尽快上路入京，参加考试。
李因笃对此多次拒绝，甚至以死相抗，最后还是在母亲的劝说下，才动身前往北京。康熙十八年，李因笃扶病参加考试，最终通过考试，得以授任翰林院检讨一职，奉命纂修晚史。
李因笃没有入朝为官的想法，所以以母老孤丁，无所依托为由，屡次具呈具疏，先后上疏陈情37次。最后康熙帝同意了他的请求，于是李因笃离职归家。
李因笃回到家乡之后，四处讲学，将理学思想传播四方，名下弟子无数，成为一代著名的教育家和思想家。
康熙二十八年，李因笃患脑瘫之疾。尽管他说话艰难，但是却仍然不放弃读书。康熙三十一年因病去世，享年六十一岁。