元文都，生年不详，为河南洛阳人氏，汝阴灵王拓跋天赐的玄孙、元修义的曾孙，安昌平王元均的孙子，安昌郡公元则之子，属北魏宗室。
史料记载，元文都为人耿直，明辩有器干。在北周时担任右侍上士，隋朝代周后，元文都在开皇初年任内史舍人，后历任库部、考功二曹郎。因为在职位上都表现的都十分有才能，所以后来被提为尚书左丞，又转为太府少卿。
隋文帝去世，隋炀帝继位，元文都转司农少卿、司隶大夫，不久之后又被提为御史大夫，后来因为受事连坐被免除。因为元文都受到隋炀帝的信任，所以不久之后又被授为太府卿。
大业三十年，隋炀帝巡幸江都宫殿，元文都与皇甫无逸和韦津等人留守东都。隋炀帝在江都之时，被宇文化及领导的禁军叛军所杀，消息传来，元文都和段达等人共同推举越王杨侗继位。正是因为他们在隋炀帝死后的动作，元文都才与段达等七人有了洛阳七贵的名号。
因为扶杨侗上位的功劳，元文都自然而然在杨侗政权得以攀升高位。杨侗任命元文都为内史令、开府仪同三司、光禄大夫、左骁卫大将军、摄右翊卫将军、鲁国公。
后来宇文化及拥立秦王杨浩为帝，在彭城拥兵自重，一时各地响应号召。于是元文都就让杨侗秘密招降李密，李密降后百官封爵，受到礼遇。王世充与李密不合，因此也连带与元文都有了间隙。
元文都后来就有将王世充诛杀的想法，而后来杨侗有意让元文都领御史大夫一职，得到王世充的百般阻挠。有人对元文都说：“王充外军一将耳，本非留守之徒，何得预吾事！且洛口之败，罪不容诛，今者敢怀跋扈，宰制时政，此而不除，方为国患。”
元文都听后深以为然，于是怀揣奏章入殿，想要弹劾王世充。但是临到紧要关头，却有人告诉给了王世充。王世充当时在朝堂，因为害怕所以回到含嘉城，最后叛乱。
元文都多次遣使召回王世充， 王世充都说自己病了而拒绝。到了夜晚就犯上作乱，从东太阳门攻入。
杨侗遣人去问王世充为什么这么做，王世充回答：“元文都、卢楚谋相杀害，请斩文都，归罪司寇。”
乱世掌握军权的人才有决定权，杨侗最终畏于王世充的军势，最终下诏斩杀元文都。不仅元文都被杀，元氏一家也都被王世充灭门。