崇祯十七年，李自成率领的农民军围攻北京。崇祯帝坐等四方援军不到，最终北京被李自成攻破，崇祯帝带着心腹太监王承恩在景山自缢殉国。
临死之前崇祯帝干了两件事，一是下令后妃公主自尽，没有自尽的人，崇祯帝提剑挨个挨个斩杀。周皇后、袁贵妃自尽，他的幺女昭仁公主死于其手，长女长平公主被斩断手臂，侥幸逃命。
崇祯帝做的第二件事，就是将当时还活着的儿子送往外戚家避难。当时崇祯帝给朱纯臣等人下令，希望他们能领兵辅佐太子，将来光复大明。
崇祯帝做的两件事，一是断绝后妃公主受起义军玷污侮辱，二是为大明留下星火，以求将来复起。而承担这一重任的太子朱慈烺，却没有逃脱，最终被明朝降臣献给了李自成。
据一些史料记载，朱慈烺被李自成捉住之后，李自成命他下跪，遭到朱慈烺的断然拒绝，说：“你如何能这样侮辱我？”
李自成又问崇祯帝在哪儿，朱慈烺直接说已经驾崩了，然后让李自成将自己杀了。李自成说：“你没有罪，我不杀你！”
朱慈烺于是对李自成说：“既然如此，我希望你能礼葬我父母，不要乱杀京城百姓，如今投降的大臣都是不忠不义之辈，希望你把他们都杀了。”
李自成自然不可能一切听从朱慈烺所说，但他对朱慈烺还是比较礼遇的。后来他封朱慈烺为宋王，还让他与自己同桌吃饭，不过都遭到了朱慈烺的拒绝。
李自成率军前往与吴三桂作战，朱慈烺被吴三桂救出，随后奉他还京，建年号义兴，一月后朱慈烺在乱军中走失，此后下落不明。
太子消失于民间后，引来南北太子案。这场真假难辨之案，又给朱慈烺的下落染上一层神秘迷云。
北太子出，找来许多旧臣遗民来认，有人不承认他是真，也有人承认他就是真太子。当时有刑曹郎钱凤览以死上书，言明北太子身份为真，所以很多人相信北太子是真的太子。
但是北太子自己曾说从没有落入李自成等贼寇手中，只是流落民间而已。当时众人皆知，朱慈烺曾被李自成抓住，所以大家又对其有所怀疑。加上一些皇宫中后妃亲信宫女辨认，说不是太子的样貌，于是北太子身份再次成迷。
南太子说自己是在吴三桂奉为王之后流落民间，后入皇姑寺隐姓埋名的。和北太子一样，南明政权也找了一堆旧臣宫女去辨认，有人说真也有人说假，但大多数都认为南太子是假的。
南北太子之案，谁真谁假历史难辨。但这两位太子的结局都不怎么好，一位被多尔衮给诛杀了，一位则死于弘光政权之下。
多尔衮代表的清政府容不得明朝太子，弘光帝也容不得太子，不管南北太子是真是假，被杀成为理所当然的事情。
所以朱慈烺的下落只有三种可能，一是他的确是南北太子中的一位，但他被杀了。二是他不是南北太子中的一位，但他还是被杀了，或死于乱军中，或被暗中诛杀。三朱慈烺下落不明后，在民间隐姓埋名，成为一位普通人。
一国太子身份尊贵，但亡国太子注定悲剧，所以朱慈烺不管是活着还是死去，都是悲剧结局。