谜团一：幽幽地宫深几许？
据最新考古勘探资料表明：秦陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41，600平方米。秦陵地宫是秦汉时期规模最大的地宫，其规模相当于5个国际足球场。《汉旧仪》则言“已深已极”。说明深度挖至不能再挖的地步，至深至极的地宫究竟有多深呢？
神秘的地宫曾引起了华裔物理学家丁肇中先生的兴趣。他利用现代高科技与陈明等三位科学家研究撰文，推测秦陵地宫深度为500至1500米。根据最新钻探资料，秦陵地宫并没有人们想像的那么深。实际深度应与芷阳一号秦公陵园墓室深度接近。这样推算下来，地宫坑口至底部实际深度约为26米，至秦代地表最深约为37米。这个数据应当说不会有大的失误，这是依据目前勘探结果推算的，但是否如此尚有赖于考古勘探进一步验证。
谜团二：地宫设有几道门？
秦陵地宫当年建造了几道墓门呢？秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中早有答案。只是未引起学者们的重视罢了。《史记》清楚的记载：“大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。”
这里涉及既有中羡门，又有外羡门，其中内羡门不言自明。地宫三道门似乎无可辨驳。值得注意的是司马迁中羡门用了个“闭”字，外羡门则有了个“下”字，说明中羡门是可以开合的活动门，外羡门则是由上向下放置的。中羡门可能是横向镶嵌在两壁的夹槽中，是一道无法开启的大石门。内羡门可能与中羡门相似。三道羡门很可能在一条直线上。
谜团三：“上具天文”作何解释？
秦陵地宫“上具天文，下具地理”的记载出自《史记》，其含义是什么？着名考古学家夏鼐先生曾推断：“‘上具天文，下具地理 ’应当是在墓室顶绘画或线刻日、月、星象图，可能仍保存在今日临潼始皇陵中。”
近年来，西安交大汉墓发现了类似于“天文”“地理”的壁画。上部是象征天空的日、月、星象，下部则是代表山川的壁画。由此推断，秦陵地宫上部可能绘有更为完整的二十八星宿图，下部则是以水银代表的山川地理。在这座有着象征天、地的地下“王国”里，秦始皇的灵魂照样可以“仰观天文，俯察地理”，统治着这里的一切。
谜团四：地宫埋“水银”之谜
始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》。然而，陵墓中究竟有没有水银始终是一个谜。现代科技的发展为验证秦陵地宫埋水银这一千古悬案提供了必要的前题条件。地质学专家常勇、李同先生先后两次来始皇陵采样。经过反复测试，发现始皇陵封土土壤样品中果然出现“汞异常”。相反其它地方的土壤样品几乎没有汞含量。
科学家由此得出初步结论：《史记》中关于始皇陵中埋藏大量汞的记载是可靠的。现代科技终于解开了地宫埋“水银”的千古谜案。至于地宫为何要埋入大量水银？北魏学者郦道元的解释是“以水银为江河大海在于以水银为四渎、百川、五岳九州，具地理之势。”原来是以水银象征山川地理，与“上具天文”相对应。