第二年，即公元前212年，为秦始皇寻找长生不老之药的术士侯生、卢生，非但未找到仙药，还以言语诽谤秦始皇，之后出逃。秦始皇得知后大怒，下令察访咸阳。
《史记·秦始皇本纪》记载：始皇闻亡，乃大怒曰：吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。去不报，徐市等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为言以乱黔首。于是使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十馀人，皆坑之咸阳，使天下知之，以惩后。益发谪徙边。始皇长子扶苏谏曰：天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。始皇怒，使扶苏北监蒙恬于上郡。
《史记》上对此的记载为焚诗书，坑术士。
有观点认为，焚书坑儒这一说法乃是孔子的后代杜撰。且，《史记·卷121·儒林列传》上记载的只是焚《诗》《书》，坑术士，后在《古文尚书》的序中被为焚书坑儒。而在清朝时已证明《古文尚书》乃是伪造。