秦统一六国后，在全国范围内的军事行动虽已结束，但在边疆，秦国的军队仍在继续进行着战斗。
越人是我国南方的古老民族，分布在东南沿海和华南地区，面积很广，各自独立，互不相属，称为百越。
主要有闽越、南越和西瓯。秦灭楚后，派尉屠睢率兵50万，分五路向越人发动进攻。秦军很快攻占闽越，但在南越和西瓯却遇到抵抗。他们利用当地山青林密、河谷纵横的地形，不断袭击秦军，使秦军遭到重大挫折，连统帅尉屠睢也被击杀。
后来，秦始皇派戍卒增援，才取得胜利。战争前后进行了8年。在战争过程和取胜后主要办了三件事：
一是开凿灵渠，主要是为了解决运输粮饷的困难。灵渠在今广西兴安县境，全长34公里，现叫兴安大运河。在兴安境内发源两条河，一条是湘江，向北流入长江；一条是漓江，向南流入珠江。灵渠的开凿是把湘江水截住流到漓江。灵渠设计灵巧，技术复杂，是我国古代运河建筑史上的奇迹。灵渠开凿后把长江与珠江水系连结起来了，打通了南方的水上交通。两千多年来灵渠一直作为南北水路的重要通道，在沟通南北，维护统一上起着很大作用。
二是征发50万刑徒罪犯到岭南支援，取得胜利后又陆续征发几十万人民到那里戍守，他们带去了中原地区先进的生产工具、生产技术和文化，对于开发珠江流域作出了贡献。
三是战争结束后，秦在越地设置了闽中、南海、象、桂林四郡，把分散的越族基本上统一起来了。
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