公元前213年，嬴政为了控制思想，采纳李斯的建议，将秦国的历史、医药、卜筮和植树以外的书下令焚毁。第二年，方士卢生和侯生在背后议论秦始皇贪权专断、滥施刑罚，嬴政闻知后怕人追辑，侯生、卢生逃跑，嬴政大怒，将有牵连的四百六十多位儒生全部活埋，这两件事，史称焚书坑儒。这段引自《中国历代帝王录》的话，仿佛只是向人们陈述了发生在秦代的一些忠实，实际上却因用词不当，而将许许多多的中国人引入了一个陈陈相因的误区。
秦始皇是中国历史上第一个真正意义上的皇帝，也是一个最有争议的皇帝。贬之者认为他为人蜂准、长目、挚鸟膺、豺声、少恩而虎狼心，长着马蜂鼻子，长 眼睛，像鸷鸟一样的凶，说起话来和豺狼差不多，对人少恩惠而有虎狼一样的心肠，也有人说他是吕不韦与其母赵氏的私生子；赞之者则认为他策长策以御宇内统一了天下、统一了文字、车轨、度量衡等等。无论是贬之者还是赞之者，大家似乎都在一件事上取得了共识，都认为他搞过焚书坑儒。
据史料记载，秦始皇灭掉六国以后，采取了一系列措施加强中央集权。公元前213年，秦始皇在都城咸阳与文武群臣，及众儒生大排筵宴。宴会之上，众儒生围绕分封制和郡县制的问题发生激烈争论，博士生淳于越等人主张恢复商周时代的分封制，丞相李斯等则赞同郡县制，并严厉指责淳于越等人道古以害今。淳于越等人不以为然，李斯遂向秦始皇进献《谏逐客书》，大力批驳儒生不识时务之后，建议焚书。焚书的前后，秦始皇迷恋仙道，追求长生不老，派徐福、侯生、卢生等人四处寻找仙药。侯生与卢生等人未能找到仙药，心急如焚，又害怕受到惩罚，于是，他们咒骂了秦始皇一番，悄悄的逃走了。秦始皇闻讯十分恼怒，下令把诸生统统集中到都城咸阳交给御史审查讯问，借以查出造谣惑众的侯生、卢生两人的行踪。诸生人人自危，为保全性命，只得相互推诿。秦始皇失去耐心，亲自圈定460余人悉数以杀，这就是千百年来一直流传的秦始皇焚书坑儒事件的始末。可是，随着时间的推移、史料的丰富，历史学界对秦始皇坑儒产生了疑问，认为把焚书坑儒的罪过一股脑推给秦始皇的做法值得商榷。
从以上有关记载来看，焚书的决策确实是秦始皇做出的，关键是他焚书之后有没有坑儒呢？
分歧就在这里，有相当一部分学者认为，从坑儒事件的起因看，秦始皇坑杀的460余人应该是方士，而非儒生，这是符合逻辑的。但相关历史资料显示，当时秦始皇的长公子扶苏进谏，众儒生都学习孔子的学说，这样一来，秦始皇坑杀的这些人又像是儒生，或者说有相当部分儒生。另一部分学者则认为，应把秦始皇的坑儒视为焚书的继续，因为这两项举措均为了钳制思想，防民之口，所以被坑的这些人应该是儒生，而不是装神弄鬼的方士。他们的有力证据是东汉卫宏《诏定古文观书序》的相关记载，秦始皇焚书之后，儒生多愤愤不平，于是，他命人在骊山的温谷挖坑种植瓜果。这些瓜奇迹般地在冬季成熟，秦始皇以评论这种奇异现象为名，召博士诸生集于骊山观看。正当众儒生们说东道西，争论不休时，秦始皇趁机命令兵士突然填土埋之，700多名儒生全部被活埋在山谷中。根据这一点看，秦始皇确实有过坑杀儒生的行为。
除以上两种观点外，研究正史的学者又有新说，他们认为，坑儒纯属子虚乌有，它应该是坑方士的讹传。史载，坑方士确有其事，它出现于秦始皇三十五年，原因就是侯生、卢生咒骂秦始皇并逃跑。这些学者分析指出，坑方士之所以讹传为坑儒，是因为当时的方士多兼通儒术，加之此前有焚毁儒书之举，后人由此附会，误把坑杀方士说成坑杀儒生。这些学者强调，这不是说被杀的460多人中没有儒生全是方士，也可能有一些倒霉的儒生，由于被方士求情而一同被裹挟其中。至于这些人被杀的原因，则与儒家的政治主张和学派观点无关。
对于到底是坑杀了460余方士还是700多儒生，有的学者提出两者可能都是事实，或者说是前后两件事，即秦始皇坑杀文人可能不止一次。他们的理由是，秦始皇是一位典型的暴君，嗜杀成性，无论是方士找不到长生不老药，还是儒生非议朝政，都有可能被坑杀，这种观点有一定推理性，但揣测、臆断的成分比较多，有力证据不足。尽管秦始皇早已背上坑儒的千古骂名，但直到今天，秦始皇究竟有没有坑儒这一谜团还是没有解开。