焚书并非始于秦始皇，早在秦之前，便有焚书。秦始皇焚书，起因并非因为儒生反对他，儒家本以投靠权势侍奉君主为本能，以歌功颂德取悦于君主为本领。但有一位儒生对这位新发迹的君主“尽忠”太急切了，要秦始皇效法古人，分封他的儿子到各地为王，像周朝那样有千年的江山。这正犯了秦始皇的大忌，是对秦始皇立国精神的挑战。
秦始皇便采纳了李斯的建议，下令毁掉儒书，超过六十天仍不焚毁的，处以黥刑，罚做苦工。两个人以上谈论儒书的，一律处决，凡“是古非今”的，全部斩首。但政府图书馆收藏，供博士们研究的儒书、其它学派的着作、医书、卜卦、种树的书，不在焚烧之列。目的是限制崇古思想的传播。儒家要回到过去，秦始皇则要面向未来，这便成为必然的矛盾。
引起秦始皇焚书的原因无疑是这位儒生尽忠太急了点，或时机不当。儒家的功能本领就是维护皇权统治，终极目的就是投靠皇帝这个主子。但心太急，始皇帝刚刚统一了全国，这个大帝国在他手里正热乎劲，你就让他“分封”，他一定不高兴。如果慢慢来，儒家的那一套思想和本领，保证能让所有的专制钜头喜欢。
对这些专制流氓，拍急了，拍到马蹄子上，自己便要倒霉。儒生都是些被功名利禄痰迷心窍的人，恨不能一棵树上吊死，始皇实在是不懂他们的心。比如另一个专制人物刘邦，他最厌恶儒生，最瞧不起儒生，向儒生的帽子里撒尿。刘邦当了皇帝之后，他的那些手下都是从前跟他一起混的流氓黑社会朋友，在宫中就像从前在刘邦家里一样没礼法，更谈不上君臣之礼。这让刘邦觉得很不对劲，但又不知道如何改正，这时儒家学派的机会来了，博士孙叔通请求由他制定朝见皇帝的“朝仪”。孙叔通特意到儒家的老家曲阜请了三十多名礼仪专家，帮助自己制定“朝仪”，并加以演习。到“朝仪”正式启用时，刘邦果然享受到了帝王之尊，大喜曰：“老天爷，我今天才知道当皇帝的威风！”立刻给孙叔通加官加赏。想一想，秦时的那个儒生不是太心急了吗？
秦始皇还有一大罪名是“坑儒”。坑儒本与焚书无关，坑儒是由道家的方士引起的，矛头对的本是道家的方士。有两个方士法术不灵，害怕杀头，便悄悄逃走，逃走之前极力散布诽谤秦始皇的言论，秦始皇本来很器重他们，这一行为，让秦始皇暴怒。随后把咸阳城市中所有的知识分子都抓起来，调查他们平时有无诽谤言论，调查结果有四百六十人犯罪，全部坑杀。
焚书不只是秦始皇才有的头脑，一般人也能想出，只是做不到。唐宋八大家之一的韩愈，为维护儒家正统，要“火其书”─把佛家和道家都全部烧掉。清代的郑板桥，也看不惯非儒家的书：“魏晋而下，迄至唐宋，着书者千百家，其中风云月露之辞，悖理伤道之作，常恨不得始皇而烧之。”一个专制人物或一个专制时代，即使没有“焚书”的罪名，如果思想禁锢得如天罗地网，与焚书又有什么两样？
在秦始皇统一六国前期需要将全力牢牢把握在自己的手中，而最有效的手段就是暴力。儒家的以和为贵一定不符合秦始皇统治国家的思想。所以落得个被焚书的下场。