争议之一，秦始皇是否坑过儒？
焚书坑儒一直被人们引为秦始皇尊法反儒的重要证据。然而，有的学者认为，所谓秦始皇坑儒实是坑方士之讹。持论者主要从以下两个方面进行了论证。
第一，史籍中对此事件所提及的的具体人物为侯、卢二生，以及韩众、徐市等四人，《史记》载明他们的活动仅限于访仙和求仙药，四人皆为神仙学派的方士。他们为秦始皇求仙，求不死药也纯粹是方士活动，后来没有成功，秦始皇感到上当受骗，发怒杀了这些人。这与后世君主肆意杀人的性质一致，只不过这次株连面过宽，冤假错案太多，所以才引起了人们的注意。侯、卢二生指责秦始皇无道，与儒家观点类似，但是这与儒家的政治主张或学派观点无关。司马迁记录焚书坑儒事件，用的是方士或方术士，明确指出是神仙学派之士。汉初大儒如贾谊、董仲舒等对秦政多有评论，屡屡谴责焚书事，但也从未论及坑儒之事。汉朝离秦朝时间之近，以贾、董之博学，焚书坑儒的事情应当知晓，假如秦始皇所坑确实是儒，尊儒的贾谊、董仲舒等绝无不议之理。据此可以判断，坑方士之说，才是更接近历史的真实情况。只是到了东汉以后，时间距秦已远，剧秦之社会舆论、儒家独尊之地位、加以今文学派虚指浮夸甚至作伪之学风日盛，提供了炮制秦始皇坑儒这一情节的土壤。班固用术士一词，其词义就更加广泛，他在《汉书•儒林传》中写道：及至秦始皇兼天下，燔《诗》、《书》，杀术士，六学从此缺矣。从这段话可以看出，他所谓的术士已有隐指儒生之意，于是就被后人附会为成焚书坑儒。
第二，对被杀者所定罪名是诽谤皇帝，而并非因信仰或传播儒家学说。也就是说，引起秦始皇愤怒的并不是某一派的政治主张或某一学派的议论，而是方士们从他那里骗得费以巨万计的赏赐，可是终不得有药。反而却作诽谤之言，最后一个个逃跑了。皇帝上当受骗，于是惩处他们，这就是坑儒为坑方士的直接原因。所谓坑儒，实际是皇帝个人报复的恣意行为，并不是秦王朝的政策。秦始皇一怒之下，共杀所聘之文学、方术士460余人。因此，即便460余人中确有儒生之流，但秦始并非因信仰或传播儒家学说而定罪杀人，所以不能称为坑儒。而且，据《史记•秦始皇本纪》所记始皇三十四年焚书，所焚者为民间私藏之百家语，而非针对儒家。
根据以上两点，不能说被杀的460余人中没有儒生而全是方士，但由其代表人物为侯、卢二生可推知，被杀者的主体应是方士，其被杀的原因更与儒家的政治主张或学派观点无关。因此，不能说秦始皇是坑儒，只能说是坑方士。但是，关于焚书坑儒，占主导的观点还是赞同传统的说法，即秦始皇坑的是儒，而非仅仅是方士。只是在坑儒的次数上，颇有争论。
争议之二，秦始皇坑儒次数以及人数。
对于这一问题，《史记》、《资治通鉴》、《藏书》以及现代的《中国通史简编》，都说始皇坑儒仅有一次，而东汉卫宏在《诏定古文官书序》中的记载。揭露了秦始皇二次坑儒。《史记》、《资治通鉴》、《藏书》以及现代的《中国通史简编》，都说始皇坑儒仅有一次，即公元前212年的那一次。但也有一些材料记载：秦始皇起码坑了两次儒。第一次是在咸阳坑儒460余人，这是公开坑杀。其目的是想杀鸡做猴，使天下知之，以惩效尤。第二次规模更大，一下坑了700余人，不过采取的是秘密暗害的手段，方法也更为巧妙和残忍。东汉卫宏在《诏定古文官书序》中记载，秦始皇在骊山温谷挖坑种瓜，以冬季瓜熟的奇异现象为由，诱惑博士诸生集于骊山观看。当众儒生争论不休、各抒己见时，秦始皇趁机下令秘杀填土埋杀，七百多名儒生全部被活埋在山谷里，外人不得可知，一直隐瞒了二百余年之久。后来唐朝张守节编写《史记正义》时，将这段史料编入了史书。唐朝颜师古注《汉书•儒林外传》也引用了这段故事。
有人认为，既然载入了《史记正义》，秦始皇骊山坑儒应当是是事实，只不过因为手段秘密，当时人知之者甚少，极少数知情者又不敢公开罢了。不过，也有人虽不否认骊山坑儒的史实，但却认为秦始皇坑儒只是一次，至于咸阳坑儒、骊山坑儒，是一件事的两次不同记载。不过，这种说法的支持者不多。因为这两次坑儒差异太大：一次是在咸阳公开坑杀，另一次是在骊山温谷秘密坑埋；前一次是460人，后一次是700余人。尤其需要指出的是，首次记述秦始皇第二次坑儒的卫宏是一名治学态度相当严谨的学者，他的著作都是经过长期的深入采访、研究、整理才写出的，学术价值很高。加之东汉光武帝比较开明，重视学术研究，所以卫宏揭露的秦始皇第二次坑儒真实度很高。
这一说法得到了不少人的认同。元代史学家在《文献通考》卷四十《学校考》记载：始皇使御史案问诸生，转相告引，至杀四百六十余人。又令冬种瓜骊山，实生，令博士诸生就视，为伏机，杀七百人。《太平御览》所引《古今奇字》记述也同意这一说法：秦始皇密令人种瓜于骊山硎谷温处，瓜实成，使人上书曰：瓜冬有实。诏下博士诸生说之，人人各异。则皆使往视之，而为伏机，诸儒生皆至，方相难不决，因发机，从上而填之以土，皆压死。有人据此认为，秦始皇坑儒不止发生一次，并且进一步指出秦始皇第二次坑儒的原因：因为第一次只坑杀了在京都的四百六十余博士、诸生，广大儒生还散布在全国各地，更加强烈的继续反对秦始皇的暴政，就连秦始皇的长子扶苏也说：天下初定，远方黔首来集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安，唯上察之。这种说法也有一定的道理，有其当时的历史背景。
秦始皇坑儒到底几次，多少人，至今没有统一的答案。其实，460人也好，700人也好，焚书坑儒（即使所坑是方士）属于一种极端残忍的野蛮行为，秦始皇也因坑儒之举背上千古骂名。然而，直到今天，秦始皇究竟有没有坑儒以及数量等谜团还是没有解开。