徐福东渡究竟到了什么地方？无疑是诸谜中最惹人注目的一个，我们知道徐福等人出海的初始目的是为了到渤海中寻觅蓬莱、方丈、瀛洲三神山，向山上的神仙求取长生不老之药。但是古代渤海的海域概念与今天所指大为不同，它不仅包括了今天的渤海，还包括有黄海，乃至东海，而我国东面的大海中有今朝鲜半岛、我国台湾岛、菲律宾的吕宋岛、日本群岛等。徐福究竟到了哪个岛呢？
针对这一疑问，也有多种不同的看法。有人说徐福东渡到了朝鲜半岛，还有人认为徐福到了舟山岛，或者台湾或者吕宋岛。五代后周的义楚和尚在所著《义楚六帖》中，记载了公元927年渡海来到中国洛阳的日本僧人倡弘大师所说情况，日本国亦名倭国，在东海中，秦时徐福五百童男、五百童女止于此国。他还说，日本有座富士山，又称蓬莱山，徐福定居于此，其子孙至今皆称秦氏。近代的中日学者最初也都肯定了此说，至今日本九州本岛的佐贺县，还有徐福上陆地纪念碑，以及徐福的石冢和祠堂等遗迹。徐福还被当地人尊为司农耕、蚕桑和医药的大神，并长时间被大规模地祭祀，在该县金立山神社供奉的主神就是徐福。在日本的史籍文献中，关于徐福东渡日本的记载，更是多得不胜枚举。日本学者奥野利雄先生还考证，徐福东渡后主要活动地域在日本九州、熊野一带，这些观点无疑都认为，徐福当年确实到了日本。
1950年，台湾学者卫挺生在专著《徐福入日本建国考》一书中进一步提出一个石破天惊的观点，认为徐福与日本传说中的神武天皇是同一个人，就是说日本的开国天皇就是徐福。这一观点提出后，在日本引起了极大的反响，日本学者于当年便自发组成了日本民族头骨指数测定会。由文部省补助经费，让日本各地的大学的解剖系教授对各大学男女生的头骨进行测量，测量的总人数多大六七万人。5年后，这些集中代表了全国280个县市居民的头骨测量数据，由日本体质人类学权威长谷部言人博士进行整理分析，并同日本周围民族的头骨指数进行了比较研究分析。结果表明，现代日本人大多数的头骨指数与中国浙江、江苏、安徽、福建等省人的头骨指数完全相同，与上述省份外的居民部分相异。并由此得出了日本史前时代的祖先曾经留住在中国的东海沿岸的结论，这一结果从一个侧面证明了徐福东渡日本的可能性。
20世纪80年代，随着对徐福研究热的兴起，对徐福是否东渡日本的研究更加深入。台湾学者彭双松于1975年到1981年间，先后八次赴日本实地考察，在取得大量调查资料的基础上，他于1982年6月发表了《徐福即神武天皇考》一文进一步论证了卫挺生的观点，认为昔日中国的徐福就是日本开国第一代神武天皇。1980年4月29日，九州岛佐贺县在日本天皇诞生日举行了隆重的徐福大祭，祭歌中有这样的词句二千余年悠久的历史啊，欢欣庆祝神社的祭典，奉到秦皇的命令，率领童男和童女，徐福一行在明海的寺井湾登陆，劈开茂密的芦苇先前迈进。此外，据考证，在认为最有可能是徐福登陆地点的日本歌山县（纪伊半岛）、熊野河口（现在的新宫市），至今还有秦住、秦须浦的称谓，相传为徐福时相沿至今。
?这里还有被认为是当时徐福等人住过的草屋模型，新宫市还遍布着一种叫天台乌药的老草药，相传就是徐福要找的长生不老之药。一些学者还考证认为，在日本除秦姓外，羽田、x、波多等姓氏的读音也与秦的读音相同，而这些姓氏多为徐福后代，或者至少与徐福有一定的关系，如前日本首相羽田就称自己是徐福的后裔。据说，当时与徐福一起东渡蓬莱的人为了免于秦始皇的追杀，才改了这么多姓氏的，但是故土难忘，都带着秦的读音。另外，新宫市内还有不少姓东、西、南、北的居民，据当地人传述这些姓氏也为徐福的后裔日本民间流传，徐福带领三千童男女仓促到达日本后。由于这些童男女都是被秦始皇强行征调的，并不知道他们的姓名，只能问出他们是住在哪一个方向的，住在东边的就让他们姓东，住在西边的就让他们姓西等，这些人的后代也就顺其自然姓东、南、西、北了。目前住在新宫市的居民中，有大量这类姓氏的人，虽然没有直接承认他们是徐福所率童男女的后代，但都奇怪地聚集在徐福登陆的新宫市一带。
总体来说，中日的学者大多倾向于徐福确实到达了日本，不过由于年代久远，史料过简，加之论者所处角度不同，以及对史料理解的歧异，使得这一问题在许多方面都产生了激烈的争论。也因此，对于徐福东渡是否到达日本注定还要在不断地论证和反驳中继续下去。
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