早在朱允炆为皇太孙时，他就对诸皇叔手中的权力深感忧虑，曾与伴读老师黄子澄定削夺诸王权力之计。即位之后，即付诸实践，与齐泰、黄子澄一同策划削藩之策。齐泰认为先从燕王朱棣下手，而黄子澄则认为先从周王朱橚下手。最后，朱允炆采纳了黄子澄的建议。洪武三十一年（1398）八月，朱允炆命曹国公李景隆领兵包围开封，将周王逮捕至京，废为庶人，革去王封，迁徙至云南。随后又以伪造钞币和擅自杀人的罪名，遣使逮捕湘王朱柏，朱柏闻讯，自焚而死。接着召齐王朱榑进京，废为庶人，囚于京师。此后对代王朱桂、岷王朱楩亦如法炮制，都削去王爵，废为庶人。解决周、湘、齐、代、岷五王，前后不到一年时间，可谓雷厉风行。
朱橚朱橚（？～1425），明太祖朱元璋第五子。1370年初封吴王，封国在钱塘（今浙江杭州）。1378年改封周王，封地在开封。由于朱橚年幼，一直生活在南京，直到1381年，才到封地。过了两年，朱橚由于怀念自己家乡凤阳，撤离封地，到凤阳住下。此事被明太祖知道了，十分愤怒，要贬他到云南，后鉴于是初犯 ，始收回成命，让朱橚留居京师，由其子朱有炖代理封国事务。直到1391年十二月，始放他回到封地。建文帝即位后，这件事就成为削藩的口实。1399年七月，燕王朱棣起兵"靖难"。建文帝为了缓和矛盾，把周王召回京师。1402年，朱棣推翻建文帝，自立为帝，即明成祖。明成祖即位后，恢复朱橚的周王爵位，并屡加赏赐。
惠帝削藩洪武二十五年（1392年）太子朱标病死，太孙朱允炆是诸王的后辈，感到难以制约诸王，加上诸王拥有军权，对他构成潜在威胁，便有削藩之意。洪武三十一年，朱元璋去世，朱允炆继帝位，是为惠帝。惠帝发布太祖遗诏，令诸王留于封地，不要来京；甚至燕王朱棣已经前来奔丧，却被惠帝命令返回，导致诸王不满。惠帝于是与齐泰、黄子澄商量开始削藩。
朱允炆继位后开始削藩。在削藩顺序上，齐泰认为应先削实力最强的燕王，时户部侍郎卓敬亦上疏请改燕王封地于南昌；但黄子澄反对，认为燕王有功无过，为了争取舆论支持，应该先找有问题的亲王下手。惠帝支持黄子澄，遂先后废除五位亲王。
洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是决定先废周王。时周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化（今昆明以西、大理以南）。
建文元年（1399年）四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王不堪受辱，为保名节举家自焚；齐王被软禁在南京；代王被软禁在封地大同。两个月后，削岷王，废为庶人，徙漳州。
由于朝廷削藩激化矛盾，藩王与朝廷开始决裂，此时实力最强的燕王就成了真正的众藩之首。而朱允炆与朱棣之间的博弈亦逐渐激化。