在明朝，锦衣卫三字可说是恐怖的代名词。因为他们的存在，朝野人人自危，整个大明朝离心离德。因此，有人认为，他们才是大明朝灭亡的元凶。
1382年5月29日（明讲武十五年四月十六日），朱元璋将仪鸾司废除，改立锦衣卫。
锦衣卫即锦衣亲军都指挥使司，皇帝的侍卫机构。前身为明太祖朱元璋时所设御用拱卫司。明洪武十五年(公元1382年)四月，建明之初朱元璋设置拱卫司，统领校尉、隶属都督府，为皇帝侍从军事机构，后改拱卫司为拱卫指挥使司。洪武二年(公元1369年)，拱卫指挥使司又重新更名为亲军都尉府，别设仪鸾司归其统领。后又将仪鸾司改为锦衣卫，下设指挥使，指挥同知、指挥佥事、南北镇抚司镇抚、千户五职，皇帝任命自己心腹出任指挥使。朱元璋令其掌管刑狱，赋予巡察缉捕之权，从事侦察、逮捕、审问活动。
锦衣卫的权利锦衣卫建立前的仪鸾司只是替皇帝管理仪仗的普通侍卫机构，改为锦衣卫后，权力增添了很多。除拥有侍卫职权外，还有权巡察缉捕和审理诏狱。锦衣卫属下的镇抚司承办由皇帝命令查办的案件。他们用刑十分残酷。廷杖为其中一种，初期杖满即停刑，后期直到打死为止。还有一种是用300斤重的立枷，很快就可将犯 人压死。这种对犯 人严刑逼供、非法凌虐的做法，致使民情激愤、怨声载道。洪武二十年(公元1387年)，朱元璋不得不下令焚毁锦衣卫刑具，所押囚犯 转交刑部审理；同时下令内外狱全部归三法司审理，将锦衣卫废除。后来在明成祖时期，锦衣卫又得以恢复，并由北镇司专门处理诏狱。
锦衣卫除拥有众多特权外，还拥有大量田地。直到成化年间，他们的权势地位才逐渐削弱。
1420年又设东厂。1477年明宪宗更设西厂。明武宗又增设内行厂,统称厂卫制度,开创了中国特务制度的先河。
锦衣卫酷刑锦衣卫在天津设立机构后，就开始按照皇帝的意思私下打探军情民意，凡是有一点对皇帝不利的言论都逃不过他们的耳目，当地的官吏也不敢随便过问他们的事情。只要流露出对他们的不满，都有可能被抓去受刑，而一旦被特务们抓去，那就是九死一生，最轻也要落个残疾的下场。据明史记载，锦衣卫常用的刑具有18套，什么夹棍、脑箍、拦马棍、钉指等等都包括其内。其中有一项刑罚叫做"杖刑"，特务对于"杖刑"的执行非常有讲究，对一般的犯 人行刑官只说"打着问"，意思是不必太重；要求打重一些的，就说"好生打着问"；要求狠狠打，不论死活的就说"好生着实打着问"。一般来说，只要犯 人被抓进来，18种刑具都要受过一遍。和锦衣卫有密切关系的一种刑法，叫"廷杖"，即殿廷上杖责进谏触怒或有过失的大臣，以提高皇帝的威权。洪武年间，公侯如朱亮祖(死有余辜)，大僚如工部尚书薛祥等，都是受廷杖致死的。相对于杖刑、夹棍等刑罚，厂卫不常使用的几大酷刑可就令世人不寒而栗，在几大酷刑中，刷洗、油煎、灌毒药、站重枷能把人折磨得死去活来，生不如死。
锦衣卫的编制锦衣卫官员有指挥使一人，正三品，同知二人，从三品，佥事二人，四品，镇抚二人，五品，十四所千户十四人，五品，下属有将军、力士、校尉，对外有参口口事（缺两字，私参知某事，见朝鲜实录）、校令，另有精通多国语言的翻译（如宪宗朝张渺正），内有法庭和监狱，其中，经历司掌文移出入，镇抚司掌本卫刑名，兼理军匠，即"诏狱"。锦衣卫平日为皇帝爪牙，镇压臣下时则罗织大狱，捕人，审讯和处刑。
明朝的特务机构锦衣卫除北京外在各地都驻有分支机构，譬如今天津市河北区的锦衣卫桥大街和以前的锦衣卫桥，就是当初这些特务机构的所在地。明代的特务机关可以分为三大部分：一是分驻各地的，一是驻在京师的，再有就是临时向外派遣的。这三部分中，以分驻各地的最为繁多，从明成祖朱棣时就开始设立，后来全国各省以及各重要城镇全部都设有。他们的任务实际是替皇帝侦察该地官吏军民人等，暗查军民动态。明成祖朱棣在永乐十五年将首都迁往北京，迁都前，首先派出负责皇帝防务的贴身卫队"锦衣卫"到天津卫，在原来三卫的指挥衙门前设立锦衣卫指挥衙门府，所在地就是现在的锦衣卫桥大街附近，专门负责暗地监察京津军民动态。(1404年设立天津卫后，由于天津还没有建城，天津卫指挥使的官衙就设在现在的狮子林桥望海楼附近；在建城以后，卫指挥使衙门迁入城内，原来的卫所便被空置。)