在中国国家图书馆翻开这历经几百年沧桑的《永乐大典》，专家们发现，这里收藏的所有《永乐大典》有一些共同的特征。从纸张看，这些《永乐大典》用的是嘉靖时期的皮纸，而且每本书的书后都注明了当时的重录官员，而这些官员全都是明朝嘉靖皇帝时期的官员，所以，可以推断的是，这些《永乐大典》全都是明朝嘉靖时期的抄本。人们习惯于把永乐年间的第一版本称为正本，把嘉靖年间的重录本称为副本，这就是说，目前世界上所能见到的所有《永乐大典》都是明朝嘉靖时期的副本。而11095册《永乐大典》的正本至今一卷也没有发现，并且其下落也一直不见准确的记载。
围绕着《永乐大典》，学者将之称为中国书籍史上的最大疑案，关于正本的第一说法，毁于清乾清宫大火说。乾隆九年至四十年间，清政府曾对宫中藏书清理过，所有善本典籍全部集中在一起，编成了《天禄琳琅书目》。《永乐大典》是书籍中的庞然大物，又有一万多册，假如正本在乾清宫，是极容易发现的，怎么可能不编入《天禄琳琅书目》。史书中关于乾隆时期曾经大规模查访《永乐大典》的记载，似乎也质疑了《永乐大典》正本，毁于乾清宫大火的真实性。乾隆年间编辑《四库全书》时，曾经在宫里宫外都查找过《永乐大典》，但一本也没有找到，假如当时正本存放在乾清宫，何必宫里宫外寻查副本呢？
关于正本失踪的第二种说法，是被李自成焚毁了。崇祯十七年4月29日，李自成在北京即位称帝之后，便匆匆撤离北京，他将怒火发泄在京城这些几百年的宫殿和城楼上，下令放火焚烧。在这样一个人人自危的乱世，已经没有人会去顾及一部书的存在和命运。《永乐大典》是否在此时无声无息的全部化为灰烬了呢？比李自成更早的明朝太监都不知道《永乐大典》正本存放在哪里，怎么证明李自成烧的就是《永乐大典》呢，这也只是一种猜测之辞。尽管众说纷坛，说法不一，但一个不可改变的事实就是，几百年来《永乐大典》正本却从未现身过，在明末清初之前就已成为中国文化史，书籍史上最不可解的，也是最大的谜团。
以记录史实著称的明朝官修史书《明世宗实录》中，有这样一段关于《永乐大典》的记载，上初年，好古礼文之事，时取探讨，殊宝爱之。《永乐大典》是嘉靖帝殊宝爱之的珍品，嘉靖三十六年宫中的意外失火，嘉靖立即命左右登上文楼抢运出《大典》，一夜中竟下谕三四次，焦急失态，足见《大典》在他心目中的分量。更值得注意的是，嘉靖帝最器重的文官徐阶已向他奏明，重录不可能很快完成，只能对本抄写，嘉靖则明确强调，重录是为两处收藏。在《明实录》中有关嘉靖丧葬和《永乐大典》重录两件事的大量记载中，发现了几个一直以来不为人所注重的日期：嘉靖45年（1567年），十二月十四日，嘉靖帝崩，年60，在位45年，三月十七日嘉靖帝入葬永陵，四月十五日隆庆帝赏赐重录《永乐大典》成者。《永乐大典》副本抄完是在隆庆元年四月，而嘉靖已於上一年十二月崩，看来另存的他处究竟在哪里，似乎与嘉靖帝没有关系。
研究者发现，礼仪日程表明，嘉靖皇帝是在死后三个月才下葬，此时已经到了隆庆元年三月，而新皇帝表彰抄写人员的日期是在隆庆元年四月。但这并不是抄录完成的最后日期，所谓抄录完成的日子应当在四月之前，这样看来，嘉靖皇帝下葬和副本重录完成在时间上更加靠近了。可是却从此时起，《大典》正本的去处就音信渺然，嘉靖的丧葬与正本的失踪如此巧合，这难道真的是某种巧合吗？嘉靖皇帝比任何人都更加珍爱《永乐大典》，他对《永乐大典》的重录倍加关注，却又给后人留下了暧昧的两处收藏，在他下葬之后，《永乐大典》正本也从此销声匿迹。
对于中国古代帝王来说，死后要带走自己生前所喜爱的东西，无一例外的都会选择陪葬这种方式。永陵，始建于嘉靖十五年（1536年）三月，建成于嘉靖二十七年（1548年）五月。历时十二年，永陵是十三陵中最大的一座，它的地宫规模超过定陵，还很可能在长陵之上。嘉靖皇帝修建如此大规模的永陵，是否在环境上对珍藏《大典》正本作了充分的考虑呢？《永乐大典》正本是否做了嘉靖皇帝的陪葬物？在打开永陵地宫之前，只能是一个合理的猜想。如果《永乐大典》正本确实保存在永陵地宫中，经过400多年的岁月，它们是否依然能保持完好，一旦将来有可能出土，我们应该怎么更好的保护《永乐大典》。如果《永乐大典》正本被嘉靖皇帝带入永陵，将来正本的出土无疑将让整个世界为之震惊。
然而，这一切猜想在打开永陵地宫之前，只能是一个理论上的假设，消失了几个世纪的《永乐大典》正本也许还有更多未解的谜团等待着人们去不断的探寻。