明太祖一面杀了一些权位很高的大臣，一面把他的二十四个儿子分封到各地为王。其中一部分藩王还拥有军队。明太祖认为这样做，可以巩固他建立的明王朝的统治，哪料到后来反引起了一场大乱。
明太祖六十多岁的时候，太子朱标死了，朱标的儿子朱允（音wén）以长孙的地位，被立为皇太孙。各地的藩王大都是朱允的叔父，眼看皇位的继承权落到侄儿手里，心里不舒服。特别是明太祖的第四个儿子――燕王朱棣（音dì）一向带兵驻守北平（今北京市），多次立过战功，对朱允更不服气。
朱棣在明太祖的儿子中是比较精明能干的。据说有一次，明太祖叫朱允对对子，出的上联是“风吹马尾千条线”，朱允对的下联是“雨打羊毛一片膻（音shān）。”明太祖嫌他对的不好，马上沉下了脸。朱棣正好在旁边，就接嘴说：“孩儿倒也想了一个下联。”明太祖叫他说来听听。朱棣说：“日照龙鳞万点金。”原来龙是皇帝的象征。朱棣的对语，无非是想讨明太祖的欢心。明太祖听了，连声夸奖朱棣对得好。朱棣也就更不把朱允放在眼里了。
朱允虽然老实，对朱棣瞧不起他，毕竟还看得出来。皇太孙的东宫里，有个官员叫黄子澄，是朱允的伴读老师。有一次，朱允一个人坐在东角门口，皱起眉头长叹气。黄子澄见他心事重重，问太孙为什么发愁。朱允说：“现在几个叔父手里都有兵权，将来怎么管得了他们。”
黄子澄跟朱允讲了一个西汉平定七国之乱的故事，接着说：“当时吴楚七国诸侯这样强大，但是到他们发动叛乱，汉景帝一出兵，他们就垮了。殿下是皇上嫡孙，将来也不怕他们造反。”朱允听了，心总算放宽了一点。
公元1398年，明太祖死去，皇太孙朱允即位，这就是明惠帝，历史上又叫建文帝（建文是年号）。当时京城里就听到谣传，说几位藩王正在互相串联，准备谋反。建文帝听了这消息害怕起来，把黄子澄找来说：“先生可记得那次在东角门说的话吗？”
黄子澄说：“陛下放心，我怎么会忘记呢！”
黄子澄退出宫门，就找建文帝另一个亲信大臣齐泰一起商量。齐泰认为诸王之中，燕王兵力最强，野心又大，应该首先削除燕王的权力。黄子澄不赞成这个做法，他认为燕王早有准备，先从他下手，容易打草惊蛇，不如先向燕王周围的藩王下手。周王朱棣（音xiāo）是燕王的弟弟，他的封地在开封。如果先把周王除掉，就好比砍掉燕王的翅膀，下一步再除掉燕王就不难了。两人商量停当，就向建文帝回奏。建文帝听了很高兴，就找个由头派兵到河南把周王朱棣抓起来押到南京，削去王位，充军到云南。接着，又查出三个藩王有不法行为，把他们一个个削去王位。
燕王早就暗中练兵，准备谋反。为了麻痹建文帝，他假装发了精神病，成天胡言乱语，有时候还躺在地上，几天不起来。建文帝派使臣去探病，那时候正是大热天，燕王却坐在火炉边烤火，嘴里还不停地叫冷。使臣一回报，建文帝也相信燕王真的病了。
但是齐泰、黄子澄却怀疑燕王装病，他们一面派人到北平把燕王的家属抓起来，一面又秘密命令北平都指挥使张信带兵逮捕燕王，还约定燕王府的一些官员当内应。不料张信是站在燕王一边的，反向燕王告密。
燕王得到消息，就把王府里充当建文帝内应的官员全抓起来，宣布起兵。燕王是个精明人，知道建文帝毕竟是法定的皇帝，公开反叛，对自己不利，就找个起兵的理由，说要帮助建文帝除掉奸臣黄子澄、齐泰。历史上把这场内战叫做“靖难之变”（靖难是平定内乱的意思）。
燕王本来有带兵打仗的经验，手下有一支经过训练的精兵。他起兵南下，很快攻下了一些据点，许多州县的官员纷纷投降。建文帝害怕起来，撤了齐泰、黄子澄的职，想要燕王退兵。燕王哪肯罢休。
这场内战，差不多打了三年，到了公元1402年，燕军在淮北遇到朝廷派出的南军的抵抗，打得十分激烈。有些燕军将领主张暂时撤兵，燕王说：“这次进军，只能进，不能退！”
没多久，燕军截断南军运粮的通道，发起突然袭击。南军就一败涂地了。
燕军势如破竹，进兵到应天城下。建文帝见形势紧急，一面要将士拼死守城，一面派人向燕王求和，愿意割让土地，请求燕王退兵，又遭到燕王的拒绝。
过了几天，守卫京城的大将李景隆打开城门投降，京城终于被燕军攻破。
燕王带兵进城，只见皇宫大火熊熊，正在燃烧。燕王赶快派兵把大火扑灭，已经烧死了不少人。他查问建文帝的下落，有人报告说，燕兵进城之前，建文帝下命令放火烧宫，建文帝和皇后都跳到大火里自杀了。
燕王朱棣即位，这就是明成祖。到了公元1421年，明成祖迁都北京。打那时候起，北京一直成为明朝的京城。