宫廷的斗争并没有因为明光宗的病逝而结束，红丸案的余波尚未荡平，宫中接着有发生了另一桩离奇的大案――移宫案。要弄明白移宫案的前前后后，还要从光宗的宠妃李选侍说起。李选侍本来是郑贵妃宫里的一名侍女，后来在郑贵妃的训练之下，成为一名出色的美女。
郑贵妃为了讨好光宗，便将李选侍连同其她七位美女一同送给了光宗朱常洛。希望有朝一日这些美女获得光宗得宠爱，自己也好利用这些女人从中牟利。李选侍入宫之后，很快讨得了朱常洛的欢心。在宫里的地位迅速上升，很快爬到了仅次于皇后的位子，并且替光宗抚养日后的皇太子朱由校，地位由此更加特殊，几乎掌握了后宫的实权。而且她还同郑贵妃保持着密切的联系，李选侍极力的想通过的郑贵妃的力量将自己扶上皇后宝座，郑贵妃则想利用李选侍在皇帝面前说话方便的机会，帮她事先作皇太后的梦想。
后来光宗病重，这两件事就拖了下来。但他打算封李选侍为皇贵妃，并当着大臣的面，告诉皇长子熹宗朱由校要视李选侍如亲生母亲，视为太皇后。可是，还没等皇帝的话说完，李选侍便掀开帷幄，叫皇长子朱由校进去。朱由校进去后，对父皇朱常洛说了一句：“要封皇后！”众大臣听后全都变得瞠目结舌。朱常洛也面色一变，一言不发。
他知道这一定是自己宠爱的李选侍在幕后指使，这个李选侍心计深沉，决不会甘心久居人下，她在宫中一向以敢作敢为、大胆果断著称。所以，尽管李选侍一再要求皇帝立她为皇后，但是光宗始终没有答应，他怕李选侍一旦被册封为皇后，她便可以通过自己抚养的朱由校，间接地控制朝政。所以他只封她为皇贵妃，说什么也不同意封她为皇后。
泰昌元年九月初一，朱常洛在宫中暴毙。李选侍却仍住在皇帝、皇后的寝宫乾清宫，丝毫不想搬出乾清宫。按照明代的制度，外廷有皇极殿，内宫有乾清宫，都是属于皇帝、皇后专用的。而李选侍是想借年仅十五岁的光宗长子朱由校掌握朝政，坐镇乾清宫，进而统驭后宫。
朝中大臣们见此状况，都猜到了她的心思，于是都在心里暗暗担忧。给事中杨涟对大臣周嘉谟、李汝华说，“宗社事大，李选侍非可托少主者，急宜请见嗣王，呼万岁以定危疑……移住慈庆为是。”两人听了，均深有同感，便一起去见辅臣方从哲。群臣商量过后，又一起奔向皇宫，杨涟率先奔进后宫，太监们执棍拦阻。杨涟怒斥说，“皇帝召我等至此，今晏驾，嗣主幼少，汝等阻门不容入临，意欲何为？”太监们一时不知所措，只得让开，诸臣这才进入。众位大臣见了光宗朱常洛的灵位，都痛哭了一番，然后就请求拜见皇长子朱由校。李选侍将朱由校留在暖阁，不让他出来。宫里耿直的老太监王安哄骗李选侍，这才把朱由校抱持而出，众人连忙叩头，齐呼万岁。朱由校立在那里，不知道是怎么回事，嘴里只是说：“不敢当！不敢当！”群臣奏请进诣文华殿。然后，朱由校登上一顶小轿。大臣刘一Z、周嘉谟、张维贤、杨涟抬轿，仓卒前行。走了几步，轿夫方到。这时，内侍李进忠三次奔来，传李选侍的命令，召皇长子回宫，并喝斥诸臣说，“汝辈挟之何往？”杨涟怒叱李进忠，拥着皇长子登舆。
进了文华殿，朱由校西向坐定，群臣行大礼拜见，并请朱由校即日登基。朱由校不同意，只答应初六日登基。大臣进奏说，“今乾清宫未净，殿下暂居此。”吏部尚书周嘉谟也说，“今日殿下之身，是社稷神人托重之身，不可轻易。即诣乾清宫哭临，须臣等到乃发。”朱由校见到形势如此，也知道事态严重，就点头同意。杨涟这时对随行的太监们说，外事缓急有诸位大臣，调护圣躬却在诸内臣，责任重大。朱由校毕竟还只是个十六岁的小皇帝，也没有什么主意，他不想封李选侍，但又下不了决心。朱由校身边宠幸的太监王安，这时躬身跪倒说道：“皇上，可不能再这样下去，陛下可立即下诏逼迫李娘娘搬出乾清宫。”朱由校听了，陷入沉思。太监王安答应群臣一定尽职尽责规劝皇上，众人这才退去。可是最后，大臣们合议，还是得即日正位，让内官进奏，朱由校还是不允。众人便在殿中坐等。这时吏部尚书周嘉谟又联合众臣合疏进奏，请求李选侍移出乾清宫，迁往别宫。御使左光斗明白指出，殿下今已十六岁，内有忠直老成的内官辅佐，外有朝中重臣辅佐，哪里乏人，还须李选侍像照顾婴儿一般贴身相随？因此，伏请即早决断，如果李选侍借抚养之名而行专制之实，那武则天之祸就不会太远了！左光斗用武则天来比喻李选侍，一则不希望出现后宫专权的情形出现，二是担心朱由校血气未定，把持不住，坠入当初唐高宗纳父亲后妃武则天的事情中。这确实一番肺腑忠言！
朱由校听了，觉得甚是有理，便发布上谕，说移宫已有圣旨，册封贵妃一事，尊卑难称，著礼部再议。给事中暴谦贞却毫不保留地坦白说;皇长子即将登上大宝，上有百灵呵护，下有群工拥戴，何用此妇人女子！而且李选侍并非忠诚爱国，万一封典得行，专权用事，恐怕难以抑制。好在宫中忙乱，没人理会，这一番话并未引出宫廷风波。
不料，李选侍那边却正听取心腹李进忠的主意，邀朱由校和她同宫，还忿然宣言，要逮捕杨涟、左光斗。
这时，杨涟在宫门遇见李进忠，询问李选侍何日离宫？李进忠摇手说，“李娘娘甚怒，今母子一宫，正欲究左御使武氏之说！”杨涟怒叱说，“误矣，幸遇我。皇长子今非昨比，选侍移宫，异日封号自在。且皇长子年长矣，若属得无慎乎？”李进忠被逼问得默然无语。
科道官员惠世扬、张泼从东宫门出来，听了这件事也大惊失色，说今日选侍垂帘，下旨逮捕光斗。杨涟立即驳斥说，没有这事！宫禁一时人心惶惶。谁也弄不清楚是如何变局，皇帝是亲近李选侍对付朝臣还是倾向于朝臣疏远李选侍，大臣们一个个孤疑满腹。
过了几天日子，李选侍还是住在乾清宫，逍遥自在，根本没有移宫之意。杨涟便直言上奏，说先帝过世，人心惶危，都说选侍假借保护之名，阴图专权之实，伏请殿下暂居慈庆宫，拔别宫先迁出选侍，然后再奉驾还宫。祖宗宗社最重，宫帏恩宠为轻。如今登基已在明日，哪有天子偏处东宫之处！这移宫一事，臣等进言在今日，殿下也当实行在今日。随后，杨涟又去拜见方从哲。方从哲起初认为这件事不用太着急，晚两天也没什么关系。杨涟却说，太子明天就要登基了，难道登基为天子后还要回到东宫的住处吗？选侍今天不愿离开乾清宫，难道以后就会主动离开了吗？方从哲最终被杨涟说服，两人统一了意见后，又去请求太子颁下严令。
于是，朱由校登基在即时下令，命李选侍移出乾清宫，移住仁寿殿。他还下令收捕李选侍身边的几个亲信太监，理由是他们涉嫌偷盗大内库藏。如此情形下，势单力孤的李选侍还是敌不过皇帝的一纸命令，移宫已成定局。这时群臣们倒反过来劝皇帝，看在昔日光宗的旧宠之上，遵照光宗的嘱托，善待李选侍母女。小皇帝虽然对李选侍往日咄咄逼人的态度十分不满，但还是接受了群臣的意见。
最终，在外廷大臣的严词逼迫和宫中太监王安的恐吓之下，李选侍终于无奈的决定移宫。九月初五日，她抱着皇八女，徒步从乾清宫走向宫中宫妃养老处―― 仁寿殿哕鸾宫。于是，这件震动宫闱的明朝三大疑案之一的“移宫案”终于落下了帷幕。李选侍以失败而告终，熹宗朱由校进驻乾清宫，登上宝座。
李选侍封后的要求没有实现，做皇太后控制朝政的愿望也落了空。她赖在乾清宫不走是否是受到了郑贵妃得幕后主使，这个后人亦无从得知。但是其意图很明显，就是要通过控制皇太子朱由校来操纵整个朝政，据许熙重《宪章外史续编》记载，朱由校即位后说，李选侍命太监李进忠传话：“每日章奏，必先奏看过，方与朕览，即要垂帘听政处分。”可见，她是有垂帘听政的野心的，后人还推测，她之所以赖在乾清宫不走，就是要同郑贵妃“邀封太后及太皇太后，同处分政事”。如果她的目的实现了，也许明朝就要先出一个“慈禧太后”了。