吴三桂当了五个月皇帝后，就中风得病，留下一个烂摊子交给孙子吴世璠接手。三年后，清军攻入云南，吴世璠自尽，三藩之乱遂平。
御史大夫何嘉佑立刻提出，要给康熙皇帝加尊号，认为现在能够平定天下，完全依赖康熙一人的功劳。何嘉佑冲在第一个后，官员们害怕自己落后，立刻蜂拥而上，拼命颂圣。
康熙对于大臣的奉承却不认同。他对孝庄皇太后表示，叛乱平定后，将士疲敝，民众生活困苦，这时候应当整顿国家纲纪，进行战后恢复。怎么能认为是太平时期，安心接受加尊号的事情。
这种时候，康熙依然保持如此冷静客观的判断力，确实难得。当时全国在战乱后，都经历不同程度的损伤。云南也是如此。作为吴三桂的大本营，云南受三藩之乱影响较大。
至于那些零散军队。最初时，清朝曾打算将他们逮捕入京。不过，效果却不怎么样。沿途兵员逃亡极多，只能改为招降。
清朝给这些士兵发口粮，允许他们继续服役。也可以去开垦荒地，编入百姓保甲中。保甲是过去官府管理百姓所推行的制度。编入保甲后，可层层管制。
至于过去云南一直推行的土司制度，倒没有受到太大冲击。吴三桂时，曾主动打压少数民族的首领土司。三藩之乱后，清朝为拉拢土司，采用缓和政策。只是严加管制，并不急着废除。那些土匪盗贼，也受到打压。这都是为了保证清朝的统治。