康熙十九年三月，康熙帝重新选派将领，兵分三路，从广西、四川、湖南向云贵进军，发起对叛军最后一击。此时，吴三桂已经病死，他的继承人名叫吴世璠，是吴三桂的孙子，也是康熙帝的表弟。叛军兵败如山倒，清军很快就打到昆明城下，那么等待吴三桂家族成员的究竟是什么样的结局呢？
清军还没攻下昆明城，叛军内部却先发生了内讧。吴三桂有个侄子，名叫吴应期，是一员猛将，他在战败后公开指责方光琛，还暗中召集兵力，准备在昆明发动政变，废掉吴世璠，自己做皇帝。然而吴应期的计划早就被掌握，结果吴应期与自己的两个儿子吴世琚、吴世珵被活活勒死。
此后清军经过一番血战，终于攻破了昆明城。这时候，城内一些叛军想捉住吴世璠，然后向清军请降。吴世璠自知难逃一死，于是穿上皇帝的服装，横刀自刎，年仅16岁，吴世璠的皇后郭氏自缢身亡。与此同时，吴世璠的岳父郭壮图，也举家自尽身亡。值得一提的是，郭壮图的妻子是吴三桂的女儿。
之后，吴三桂的骸骨以及吴世璠的首级被送到北京，用来祭告清朝诸皇陵。此外吴三桂的六个孙子，吴应麟的子孙九人全被处死。吴三桂的另一个女婿胡国柱自尽而死，但康熙帝没有放过他的家属，“伊等子弟法难宽宥”，“悉行处斩，妻女、家口、财物籍没，送交内务府”。
上个世纪八十年代，在贵州境内发现了陈圆圆墓。原来早在昆明城破前，陈圆圆就来到了贵州境内，隐姓埋名，直到终老。不过也有其他说法，有的说陈圆圆自尽身亡，有的说她出家为尼。再说说八面观音、四面观音，她俩原是明朝礼部侍郎李明睿的家妓，长得国色天香，后被送给了吴三桂。
清军攻破昆明后，毫无军纪，将领们甚至带头抢人，而这些姬妾自然成为他们的战利品。湖广总督蔡毓荣将八面观音抢到手中。穆占抢占了三桂的参赞军务的穆占抢占了吴三桂的另一爱妾“四面观音”。值得一提的是，后来蔡毓荣和八面观音生下了一个女儿，名叫蔡婉，是清朝著名的才女。