建文帝一向以宽容仁厚、温良恭俭着称。在他统治期间，出现了民风淳朴、路不拾遗的安定局面，有人把他的统治称为"建文新政"。然而，这样一位深受儒家仁爱思想熏陶的皇帝，却最终落得个帝位不保、下落不明的下场。至今为止，都没有史料能够明确说明建文帝的下落。
狡兔死，走狗烹
皇帝宝座历来是人人觊觎的至高之位，古来为争夺帝位，弑君杀父、兄弟相残的现象比比皆是。为尽可能地减少家庭内部矛盾，帝位之传便有了传长不传幼、传嫡不传庶的规定。明朝开国皇帝朱元璋有26个儿子，因长子早逝，所以他临终时便把帝王之位传给了长孙允。
朱允登基之后即为建文帝。他在位期间，为了巩固政权，加强中央集权制，接受了大臣齐泰等人的"削藩"策略，开始剥夺叔叔们的藩王之位。"削藩"引起了野心勃勃、心有不甘的燕王朱棣的不满，结果一场篡权夺位的谋反之战就此展开。
建文帝柔柔弱弱，文质彬彬，崇尚礼仪，辅佐他的臣子大都是满腹经书的儒家思想推崇者。面对野心勃勃、来势凶猛的造反者燕王朱棣，整个朝廷是心有余而力不足。到了最后，臣子们要么保持傲骨，誓死不降，被诛十族；要么患了"软骨病"，弃戈卸甲，俯首就擒。建文帝空有一副博学多才的皮囊，却没有面对危机时该有的策略。
仅仅用了三年，朱棣便顺利地占领了明朝都城南京。但当他踏入宫门的一刻，却发现后宫早已是火海汪洋，浓烟滚滚。经过一番扑救，宫人们在火堆里发现了马皇后和七岁的太子的尸体，建文帝却下落不明，成为了"明史第一谜案"。
揭秘明史第一谜案
关于建文帝的下落，古来争议颇多：宫中自焚说。《明太宗实录》记载，明成祖望见宫中烟起，急忙派人去救火，可已经太迟，建文帝就此被烧死。史书中记载了建文帝已死，并记载朱棣为建文帝预备葬礼，却没有记载葬礼场面和墓地在何方。所以，学者怀疑，这种实录缺乏客观性，大多是明成祖为了留下千古威名而命史官有意撰写。《明史》中说"宫中火起，帝不知所踪"。所以有人推测一个太监穿着建文帝的衣服做了替身，葬身火海之中，而建文帝则由贴身侍卫程济等人帮着从地道里逃走了。
隐姓埋名做道人或和尚说。
这种观点的持有者推断，在靖难之役后，建文帝为逃避叔叔朱棣的追杀而藏在三清山，做了全真道人，并化名"詹碧云"，建设了大规模的三清宫等道教场所，而山上"明冶山詹碧云藏竹之所"就是他的墓冢。这种说法在明代书籍《自身录》和《革除遗事》中也有记载。
对于建文帝出家的地方也有多个版本，有的说是重庆的龙行古镇，有的说是云南武定狮子山，有的说是江苏普济寺等。
归来说。《英宗实录》中有记载，英宗年间，有一位90岁的和尚到了北京城中，称自己是建文帝，得到了英宗的厚待，最后终老北京城。
逃亡海外说。《明史"郑和传》中有记载说，明成祖之所以一而再、再而三地派郑和下西洋，是因为他怀疑朱允没有死，而是逃到了海外。
甚至还有人说他去寻找张三丰，寻访得道之法。有趣的是，史料记载明朝时有不少人冒充自己是建文帝，招摇撞骗。史学家们认为，这多半是因为朱棣暴虐无常、凶狠毒辣，人们对之心生怨气。
不管朱允下落何处，最后都会是一个孤魂。即使历史重演，恐怕朱允的悲剧还是会分毫不差地重新上演。