朱由检继位后，打击惩治阉党，治魏忠贤十大罪，命逮捕法办，自缢而亡，其余党亦被肃清。
魏忠贤怎么死的？
天启七年（1627）秋八月，朱由校驾崩，信王朱由检即位。朱由检素来熟知魏忠贤的罪恶，自己深加戒备，魏忠贤的党羽开始恐惧了。杨所修、杨维垣先攻击崔呈秀以试探朱由检心意，主事陆澄原、钱元悫，员外郎史躬盛于是纷纷论奏魏忠贤。但朱由检隐而不发。
于是嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。奏疏呈上后，朱由检召见魏忠贤，让内官读给他听。魏忠贤非常恐惧，急忙用重宝贿赂信邸的太监徐应元，求他解救。徐应元是魏忠贤从前的赌友。朱由检知道这事，便斥责徐应元。十一月，便将魏忠贤发往凤阳安置，魏忠贤在去凤阳的途中，仍豢养一批亡命之徒，朱由检闻悉后大怒，命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。李永贞得知消息，连忙派人密报魏忠贤。魏忠贤自知难逃一死，行到阜城时，听到后一项命令，便与同伙李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至四更，最后一起上吊自杀。朱由检诏令将魏忠贤肢解，悬头于河间府。将客氏鞭死于浣衣局。魏良卿、侯国兴、客光先等都被处死，并暴尸街头，还抄了他们的家。在抄客氏的家时，得八名宫女，大概想仿效吕不韦所为，所以人们尤其憎恨她。
崇祯二年（1629年）二月，朱由检命大学士韩火广等人审定逆案，这才将魏忠贤的党羽尽数逐出，东林党人又得以进用。那些与逆案有关的人日夜图谋报复。其后温体仁、薛国观之辈相继执政，他们暗中排挤正直人士，为翻逆案做准备。朱由检也厌恶廷臣结党营私，于是又委任宦官，而逆案中的阮大铖等人终于肆毒于江左，直到灭亡。