明朝的政治机构设置
内阁
洪武十三年诛丞相胡惟庸，罢中书省，废丞相等官。在废除丞相后，朱元璋亲理政务，一度深感疲惫，于是设立四辅官来辅佐政事。但这项制度效能不彰。洪武十五年七月被废。十一月，仿宋制，置华盖殿（世宗时改为中极殿）、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，又设文华殿大学士，以辅导太子，品秩都是正五品。明成祖登基后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，由此成立内阁。内阁只为皇帝的顾问，奏章的批答为皇帝的专责。内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中大臣担任，只照皇帝意旨写出，称"传旨当笔"。明仁宗增置谨身殿（世宗时改为建极殿）大学士。宣宗时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为"票拟"制度。明初，内阁无实权。之后内阁地位逐渐升高，权限逐渐增大，到明世宗时，内阁终跃至六部之上。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。自此，内阁成了中央最高的的决策机构。六部
明朝在中央和南京各设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部（主管文官升迁）最为重要，户部人员最多。礼部（主管祭祀大典）与工部（主管公共建设）地位较低，而在南京六部除兵部（掌管南直隶与浙江、江西等省的军队）、户部（掌管南方户籍）外，其他四部基本没有没有实权，是被排挤出中央的官员的"养老之地"。监察机构
太祖尚为吴王时，始置御史台，设左、右御史大夫各一名。洪武十三年，罢御史台。十五年更置都察院，设监察都御史八人。分监察御史为浙江、河南、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、广东、广西、四川十二道，各道置御史三到五名，称为十二道监察御史。监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。永乐元年，改北平道为北京道。十八年，罢北京道，增设贵州、云南、交址三道。洪熙元年，称行在都察院。宣德十年，罢交址道，始定为十三道。正统中，去"行在"字。六科
六科，负责侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。洪武六年，设给事中十二人，秩正七品，始分为六科，每科二人。洪武二十四年，更定科员，每科都给事中一人，正八品。六科官职品级虽低，然职权很高。他们有"封驳权"，可以不赞成皇帝的意旨。该制度发挥了一定的改善朝政作用。五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺和鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，九卿之一。其余四寺卿职权较低。太常寺负责祭祀礼乐，隶属于礼部；太仆寺管理马匹，隶属于兵部；光禄寺负责寿宴、进贡等，隶属于礼部；鸿胪寺负责朝会、宾客（外吏朝觐，诸蕃入贡）、吉凶仪礼。厂卫机构
明朝主要的情报机构包括锦衣卫、东厂和西厂，武宗时期还一度设有内行厂。 锦衣卫设立于洪武十五年，负责侦查国内外情报，直接对皇上负责，拥有可以逮捕任何人，并进行秘密审讯的权利。东厂成立于永乐十八年，主要职责就是监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。西厂设立于宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。内厂设于武宗时期，任务是牵制锦衣卫、东厂和西厂的权利，防止它们三个机构相互勾结权利的扩展，是朱元璋为政的另一种手段。首领为宦官刘谨，刘谨伏诛后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂。其它机构
太师、太傅、太保为三公。明仁宗之后，三公皆为虚衔，为勋戚文武大臣加官、赠官。太子太师、太子太傅、太子太保，明朝只永乐年间，明成祖幸北京，以姚广孝专为太子太师，留辅太子。自是以后，终明一朝皆为虚衔。他们名为辅导太子，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院，太医院附属有生药库和惠民药局。二十四衙门（十二监、四司、八局，由宦官所担任）。亲军上直二十六卫，除锦衣卫设有南北两个镇抚司，其他二十五卫各设有一个镇抚司，已上俱不属五军都督府管辖。女官，洪武五年，定为六局一司。永乐后，职尽移于宦官，只保留少数女官。明朝的军事
卫所制为在全国各地军事要地设立卫所驻军，卫有军队五千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以后渐无法维持，军人生活水平及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰。在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，故这些民兵，在明朝后期逐渐担负起维持明朝有效统治的作战部队，而其中最为有名的就是戚继光的召募以浙江人为主戚家军、李成梁李如松父子麾下的辽东铁骑及袁崇焕所召募以辽东人为主的关宁铁骑 。