《女医明妃传》讲述的是明代兄弟皇帝明英宗朱祁镇，明代宗朱祁钰的爱恨情仇。对于两个皇帝形象的塑造，颇下功夫。朱祁镇被塑造成爱民如子的好皇帝，J王朱祁钰是有情有义的好王爷。剧情虽然与历史有关，却又游离历史，这两位兄弟皇帝都算不上好皇帝，相比之下，明代宗朱祁钰还比两度坐上皇位的明英宗朱祁镇更有才能。
明英宗朱祁镇庙号英宗，一点不英明，在大明皇帝中算得上比较窝囊的一位。朱祁镇是明宣宗朱瞻基长子，明代第六位皇帝。宣德年间，明宣宗重用杨士奇、杨荣、杨溥（俗称“三杨”）等贤臣，励精图治，休兵养民，复业流民、赈灾救荒等措施，明代社会趋向稳定繁荣，史称“仁宣之治”。但是朱祁镇即位之后，由于少年登上大宝，宠幸太监王振，其政治趋向腐败，奸佞当道。
正统十四年（1449），蒙古部瓦刺军进犯，经过“土木堡之变”，明英宗被瓦刺人俘虏，表明上是朱祁镇指挥失误，实则是轻信王振，排斥异己的必然。政治的腐败，小人乱政，昏庸皇帝盲目自大，不擅用人，自然会成为瓦刺人的阶下囚。《女医明妃传》中对于朱祁镇颇多赞美，有悖历史，朱祁镇那里是个好皇帝，分明是一个昏君。
J王朱祁钰先是监国，在国不可一日无君的危急时候，孙太后、于谦等大臣的拥立下，即位，是为景泰帝。另立皇帝不仅是形势所逼，也是政治需要。应该说真是由于朱祁钰的继承皇位，才打破了瓦刺人以皇帝朱祁镇为筹码，要挟大明政府的如意算盘。得到景泰皇帝朱祁钰信任的于谦，放开手脚组织了京师保卫战，一举击败瓦刺军的侵犯，保卫了大明江山。如果没有景泰帝朱祁钰、孙太后、于谦（剧中是兵部于东阳）等的竭力抵抗，大明江山在此时就会易受他人，真的让瓦刺人坐镇北京紫禁城了。从历史等方面说，朱祁钰、于谦等人有功于大明，朱祁钰的能力也胜于朱祁镇一筹。
《女医明妃传》中，孙太后的形象是明英宗朱祁镇的对立面，与汪国公等奸佞阴谋另立皇帝。在正统初年，朱祁镇尚未亲临朝政时，因为有太皇太后张氏以及大学士杨士奇等老臣掌权，国家基本上还能继承仁宗、宣宗政策，孙太后的把控也还能维持明朝的繁荣，到了朱祁镇亲政之后，情况大变。“土木堡之变”，也是因为有孙太后的鼎力支持，才有于谦等忠臣被重用，景泰帝朱祁钰的登上大宝，重整朝纲，坚持抗敌，才有了京师保卫战的胜利，大明转危为安。
对于明代宗的评论，主要是在明英宗被瓦刺放回来之后，被明代宗软禁八年，没有还帝位于明英宗，再就是废立太子。以致最后因为病重，被明英宗复辟。从政治主张与才能方面评价，明代宗肯定比明英宗强，他在位期间，重用于谦，多次打败瓦刺军，迫使瓦刺入贡，重视农业生产，减赋息民。
历史上明代宗皇后汪氏，生育二女，因反对明英宗废立太子被废。皇后杭氏，生子朱见济，被明代宗立为太子，后太子早殇。《女医明妃传》中，以安和郡主汪美麟暗指汪皇后，以杭允贤暗指杭皇后，其故事与历史却是相反的。剧中的汪美麟是反派人物，杭允贤是正派人物。
经过被俘、软禁等经历，朱祁镇的行为有所变化，明英宗复辟后，也启用了李贤、王翱等贤臣，平定了帮助他复位的石亨、曹吉祥乱，停止了帝王死后嫔妃殉葬制度，为后人称道，但是他杀了忠臣于谦则为后人唾骂。
从历史的角度考量，从皇权的利益出发，明英宗非杀于谦不可，这样才能给他复位有名正言顺之理由。于谦是皇权争夺的牺牲品。
文章千古事，得失寸心知。《女医明妃传》为了制造戏剧效果，不惜篡改历史，把一个昏庸的皇帝朱祁镇塑造成一个重义气，有才识，敢承担，不屈服，侠肝义胆的好皇帝。而历史上真正的忠臣于谦，在剧中变身成了一个很平庸，形象一般般的兵部侍郎（尚书）于东阳。他们改写历史，不是为忠臣树碑立传，而是为昏君歌功颂德，大唱赞歌。