徐鸿儒起义的声势浩大，活动范围遍及半个山东，给明朝统治者以严重的打击。但是，徐鸿儒在取得一系列胜利之后，没有采取机动灵活的斗争策略，乘机扩大战果。在敌强我弱的情况下，反而采取了固守一城一池的消极的作战方法。九月，徐鸿儒进攻兖州失利后，仍然固守邹县，与敌人硬拼，义军被围困三个月。十一月，城中弹尽粮绝。徐鸿儒与义军高尚宾、欧阳德、许道清等数百人仍顽强坚持战斗，决心与城共存亡。
由于起义准备不足加之明廷派大军合力进剿七月各友军先后失败郓城钜野失守。
义军中又出了叛徒，都督侯王、总兵魏七等把徐鸿儒捆绑起来，打开城门向明军投降。
徐鸿儒等在形势不利的条件下仍固守邹县滕县与官军抗衡。明军调集山东北直隶等地的大量官军围徐鸿儒军于滕县。九月徐鸿儒粮尽援绝突围不成而被俘十二月十一月二十一日，徐鸿儒和其父徐东明、母亲傅氏及重要部属18人被押送北京，慷慨就义。
起义军主力被打败后，部分将士转战巨野、郓城，在郓城武安一带被明军包围，义军浴血奋战，拒不投降，最后，上万名义军将士血洒疆场，壮烈牺牲。
徐鸿儒起义历时190余天，范围遍及半个山东省，最后虽然失败，但却点燃了明末农民斗争的烈火，高敲响了明王朝的丧钟。过了不到七年，席卷全国的李自成起义就爆发了。