清圣祖康熙皇帝曾经六次南巡，每到南京都要祭扫明孝陵，并且要行三跪九叩大礼，表示对朱元璋的尊重――康熙六次祭明孝陵（即朱元璋墓）为康熙二十三年十一月、二十八年二月、三十八年四月、四十二年二月、四十四年四月、四十六年三月。康熙帝的六祭明孝陵是出于政治上目的，客观上大大地减轻民怨，增强汉满民族的统一，巩固了清朝的统治。
明孝陵是我国现存建筑规模最大的几处古代帝王陵墓之一，是南京唯一的世界文化遗产，是明朝开国皇帝朱元璋的陵墓。清灭明后，清朝统治者为了笼络人心，加强对汉民族的统治，巩固清朝政权，清代诸帝时时谒陵或遣官祭祀，仅康熙帝玄烨就于康熙二十三年十一月、二十八年二月、三十八年四月、四十二年二月、四十四年四月、四十六年三月，先后六度祭奠明孝陵。康熙六祭朱元璋，带着清朝帝王的政治目的，调和了当时剧烈的反清情绪和民族矛盾，开创了史学上所说的 “康乾盛世”。有史学家认为，不去明孝陵，便不可能知道明清史。
康熙认为明朝功业胜过唐宋
明孝陵坐落在南京钟山旅游风景区金山南麓独龙阜玩珠峰下，茅山西侧。明孝陵的朱红大门坐北朝南，正对梅花山，门额上书“明孝陵”三字。门外东侧立有一个石刻告示，系清宣统年间两江洋务总局道台、江宁知府以六国文字刻着“治隆唐宋”四个金字，是康熙皇帝南巡谒明孝陵时所题，意为明太祖的功业胜过了唐宗宋祖。 "治隆唐宋"碑的两侧是乾隆皇帝题书的御碑。殿内靠后两边是两块卧碑，东边一块刻康熙帝第一次谒陵纪事，西边一块刻记康熙帝第三次谒陵情形。
明太祖朱元璋即帝位不久，即选择独龙阜为墓地，洪武十四年（1381年）开始营建，工程由中军都督府李新主持，第二年地宫工程即竣工。是年九月马皇后病故，便先行葬入，因马皇后谥号“孝慈”，遂命所葬山陵曰孝陵，与马皇后合寝，同时殉葬宫人十余人，从葬嫔妃四十六人。
为了永远纪念太祖高皇帝，明廷规定，孝陵每岁圣旦、正旦、孟冬、两忌辰酒果行香，清明、中元、冬至、太牢致祭，是谓“五小祭三大祭”，设祠祭署专司其事。
向朱元璋行三跪九叩之礼
早在康熙七年（1668年）四月二十一日，康熙帝南巡时和鸿胪寺正卿周之桂前往南京明孝陵祭明太祖，并亲赐祭文曰：“自古历代帝王继天立极，功德并隆，治统道统，昭垂奕世，朕受眷命绍赞丕基，庶政方亲，前徽是景，明烟大典亟宜肇修，敬遣遄官，代将牲帛爰昭殷遮之忱，聿饮崇之礼，伏惟格歆，尚其鉴享。”意为自古以来的帝王，上承天命，登上帝位，权威至极点，但上帝是要他为民建功立业、治理好国家，继承好历朝历代好的典章，这样才能功垂千史。“我康熙受先帝之传位，兢兢业业，为民亲政，今天前来向你洪武帝灵前祭祀，你定的明朝诸多法典中，在继承中有的地方我要作些修改，现带了文武百官为你献上粮食和牲帛，行最崇高的礼义，愿天下永享太平繁盛。”
康熙二十三年（1684年）十月二十五日，康熙帝到南方巡视，为了争取江南士大夫的支持，在途中，他祭禹陵、祭孔、祭明太祖陵，以拉拢江南的士大夫及明遗民，取得了极好的效果。十一月初一，抵达江宁（今南京），初二一早，就派遣内阁大学士席尔达一起前往明孝陵祭明太租。康熙极为推崇明太祖朱元璋，为了表示对朱元璋的尊敬，他由甬道旁前行，并行三跪九叩礼至二门外，又于宝城前三奠酒，当时南京的父老百姓数万人在场，一个个感动得流泪。
康熙维护修理明故宫
康熙二十八年（1689年）二月，康熙第二次南巡至南京，以吉祥街织造署为行宫，又一次亲自祭奠明孝陵，并赏赐了守陵人。
康熙三十八年（1699年）正月，淮扬一带水患成灾，康熙帝下诏南巡。二月车驾到达淮安境内后，康熙亲自上河堤视察，吩咐掌管河工的河臣修筑方略，又特命开仓发粟，赈恤受灾州县。四月，康熙一行到达南京，南京军民夹道跪迎。康熙进城后的次日便派遣兵部尚书席尔达祭明孝陵，并传谕内阁：“洪武乃为一代创业君，朕前南巡二次，俱特行祭祀，并亲至陵寝礼奠。今巡幸至此，当自往亲祭。”大学士伊桑阿.阿兰泰启奏道，“皇上日前去江宁巡查时，已经亲临祭祀，如今就请不必更烦车驾了。”但康熙仍然传旨道：“洪武乃英雄奋起建功立业之主，不可与他君并，朕当躬往致奠。”随后，康熙便率诸位大臣亲自前往明孝陵祭奠。返程时，康熙路过明故宫，止步徘徊。此时明故宫荒废日久，昔日辉煌的殿宇已茫然无存，树荆遍地，荒芜破败，康熙慨叹良久，作《过金陵论》：“……朕省方南来，驻跸江宁，将登钟山，酹酒于明太祖之陵。道出故宫，荆榛满目，昔凤阕之嵬峨，今则颓垣断壁矣，昔者玉河之湾环，今则荒沟废岸矣。”第二天一早，康熙命令直郡王、诚郡王率大学士伊桑阿.阿兰泰、张立书一同前往明孝陵行礼，安奉孝陵殿内，并传谕道：“朕昨奠洪武陵寝，见墙垣复多倾圯，可交与江苏巡抚宋辇、织造郎中曹寅会同修理，朕御书‘治隆唐宋’四个大字，交与织造曹寅制匾悬奉殿上，并行勒石，以垂永久。”随后，康熙又命直郡王、诚郡王和大学士修建重整明孝陵殿内，但修整时遇到连续阴雨，导致贻误工期，至秋凉时工程才结束。
康熙帝的这一举措受到省文武官员及南京城中父老子弟的拥护，施工期间，前去明孝陵观看者犹如潮涌。大大缓解了当时汉人对清政权的不满情绪，进一步巩固了清王朝的统治。
如今明孝陵殿前的御碑殿内陈列的五块石碑，正中的一块就是康熙三十八年康熙帝―――爱新觉罗.玄烨所立。
康熙四十二年（1703年）二月，康熙第四次南巡至南京，入住在吉祥街（今大行宫）织造行宫内，派遣大学士马齐祭明孝陵。
康熙四十四年（1705年）四月，康熙第五次南巡，入南京城后，入住在吉祥街行宫内，派遣尚书徐潮祭明孝陵。康熙的车驾东行，路过明孝陵，从乐角门进入，对诸臣说：“非尔等道，引有秩，特朕之敬心耳。”接着便率领诸位皇子以及大臣侍卫等入明孝陵行礼。
康熙四十六年（1707年）三月，康熙第六次南巡至南京，仍然入住吉祥街行宫，康熙亲自率领文武百官祭明孝陵，至大门下辇，由东陛升殿。这是康熙最后一次祭奠明孝陵。
康熙在位六十一年，六次南巡，六次祭奠明孝陵，一直被世人传为佳话。