第一版《明史》中记述方孝孺等人之夷族诛死仅用了丁丑，杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并夷其族十五字。而在四库版《明史本纪》中则改为了这样的叙述：丁丑，召方孝孺草登基诏，孝孺投笔，且哭且骂。帝大怒，泰、子澄亦抗辩不屈。遂与孝孺同磔于市，皆夷其族。
很显然，无论是原本还是四库本的《明史》，都没有明成祖夷方孝儒十族的记载。
（这里插一句：永乐帝登基的日子是己巳日，之后隔了庚午，辛未，壬申，癸酉，甲戌，乙亥，丙子整整七日才是丁丑，永乐帝都当了七天皇帝了，又怎么会在七天后逼着他奸佞榜上第一人的方孝孺给他写登基诏书呢？《明史》四库版替前版增加的这个情节，可疑乎？）
（明史》从头到尾都由满清皇帝终审定稿。清廷的几位皇帝对《明史》修撰的重视可谓到了离谱的程度，《明史》每完成一部分，康熙、雍正、乾隆无不仔细审阅，乃至事无大小地就每个自己所关心的细节提出自己的建议并让书写者照办。
朱元璋修《元史》只花了两年多时间，蒙元修《宋史》（二十四史中规模最大的一部史书）也只花了两年多时间，惟独满清，修一部明历史竟然花了几代帝王近百年的时间，其处心积虑之深由此也可见一斑。
清人修完《明史》后毁弃了大量明朝史料。乾隆四十年（1775），乾隆下令再次修改《明史》。过程中对明朝的皇帝和人事进行了改编和丑化，更刻意贬低了对明朝皇帝的评价。
比如，原《明史本纪》中的英宗赞称英宗前后在位二十四年，无甚稗政，经改修后的英宗赞则这样评价英宗说：前后在位二十四年，威福下移，刑赏僭滥，失亦多矣，或胪举盛德，以为无甚稗政，岂为笃论哉？
再如，原本评价明世宗为中才之主，而修改后的评价则变为：且倚任权奸，果戮直臣，以快其志，亦独何哉!
就是这样不断修改黑明的清编明史，尚且没有诛十族的说法。明史是清朝人所修，为了某些政治需要，明史对明朝的皇帝多有贬损，可是，就在这样一部史书中竟然没有任何关于方孝孺被株十族的记载，想象一下，如果方孝孺真的被诛十族，那么明史的编纂者怎么会放弃这样一个描绘明朝皇帝暴虐残忍的情节？
有关明朝的正史有两部，一个是清朝人修的《明史》，还有明朝官方自己修的《明实录》，明朝人的官修正史《太宗实录》里面的记载：丁丑，执奸恶齐泰、黄子澄、方孝孺等至阙下，上数其罪，咸伏其辜，磔戮于市。
跟《明史》一样，没有任何关于方孝孺被诛十族的记载，试想一下，当时成祖刚刚打下南京，如果方孝孺真的被诛十族，此时应该大书特书，用来威慑降官，巩固统治，可是明朝官修的实录却和明史一样，在有关方孝孺被诛十族的记载上全部哑火。
让我们来分析一下。成祖本纪中的记载，方孝孺的死期能精确到丁丑日，方孝孺传中不具备如此精确的时间概念，也只能根据所发生的事情来定一下位，即南京城破以后，永乐登基以前。
再看这两段行文。成祖本纪简单，直接，明了，甚至近乎流水帐。方孝孺传则曲折，生动，渲染力强。两相比较，不论辞彩，只说记述事情的笔法，明显方孝孺传的文学性更强。比如说，先是姚广孝交待云云，做一伏笔，然后，就要正面描写方孝孺与永乐帝之间的冲突了，这一段极富戏剧效果。于是，我们不难从其中发现问题。第一，为何成组本纪可以精确地以六十花甲日来定位时间，方孝孺传中却含糊带过？第二，既然姚广孝交待过不要杀方孝孺，而且还要厚待，燕王也答应了，为什么永乐还要钦定他为奸臣？钦定的奸臣，不杀，还要厚待，还要令其草拟登基诏书，这于情于理都说不过去。所以，如果真有姚广孝交待，燕王答应这件事，那么，方孝孺就不会被钦定为奸臣，并一进南京就索要。
方孝孺什么时候死对于永乐帝都没有什么大的影响，总之无非是一个钦定奸臣，早死晚死都没关系。但是对于方孝孺来说，就影响大大了。因为，南京城破，殉节自杀的大臣不是没有，而且也不只一个，但是其中没有一个是方孝孺。那么，做为江南士人精神领袖的方孝孺，如此份量的一个人，怎么可以不殉节呢？在某些人的思想意识里，他是不应该活到永乐帝登基以后的，他们无法容忍这个事实。
此外，民间资料里，《玉堂丛语》里，只写到方孝孺不屈死，连那段对话都没有，成王安在倒是也有，不过那书里写的是练子宁说的。被灭十族的方孝儒，其堂兄和嫡长子活蹦乱跳的出现在永乐年间及之后的地方志上面，方家还有侄子华丽丽的出现在仁宗朝!方孝复方琬被赦是官方文件!还有《史迹考》说方克浩改母家姓得免。（令人疑惑，如果真的诛了十族，他母舅家不算十族里面的？）
在后面，明史中有孝孺有兄孝闻，力学笃行，先孝孺死。弟孝友与孝孺同就戮，亦赋诗一章而死。妻郑及二子中宪、中愈先自经死，二女投秦淮河死。，只是说了方孝孺本族的人被杀的信息，并没有提到方孝孺母族，妻族等人被杀的任何消息。
更搞笑的是，明史后面竟然还有方孝孺第十族---门人和朋友的信息：永乐中，藏孝孺文者罪至死。门人王潜录为《侯城集》，故后得行于世。可见，方孝孺的门人和朋友在永乐年间并没有被杀，至少在正史---明史中没有任何有关方孝孺被诛十族的记载。
还有，明朝万历年间，万历下诏为方孝孺平反，并赐给祭田，将孝孺公次子中宪后人从松江府华亭县寻回，世居浙江宁海至今。该支系以克勤公（孝孺父）为一世祖，传今约25世，后裔约500人。此事明清两代《宁海县志》均有记载。
据《松江府志》载，方孝孺的挚友原刑部尚书魏泽不但没被杀，反而收留了方孝孺的九岁儿子方德宗。
方孝孺刚死，其门人廖镛、廖铭、王在方孝孺被杀后，偷偷收了方孝孺的遗骸，并将其葬于聚宝门外山上（今南京中华门外雨花台东麓）。
民国《鄞县志》述：方孝孺长子中愈之后方九成，自明万历年间，由慈溪迁至鄞县，居于白岳乡方家。在慈溪时姓朱，到鄞县后复姓方，方九成为此始祖。
方孝孺有一嫡亲叔叔，叫方克家，其子方孝复于洪武二十五年被流放到庆远（今广西宜山一带）充军，以军籍获免。方孝复的儿子方琬，后来也得释为民。