酒色的过度，使神宗的身体极为虚弱。万历十四年（1586年），24岁的神宗传谕内阁，说自己“一时头昏眼黑，力乏不兴”。礼部主事卢洪春为此特地上疏，指出“肝虚则头晕目眩，肾虚则腰痛精泄”。万历十八年（1590年）正月初一，神宗自称“腰痛脚软，行立不便”。万历三十年（1602年），神宗曾因为病情加剧，召首辅沈一贯入阁嘱托后事。从这些现象看来，神宗的身体状况实是每况愈下。因此，神宗亲政期间，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。万历三大征中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。在三大征结束之后，神宗对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，神宗荒怠的情形，还真有前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政;后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接“留中”不发。
但是，按照明朝的制度，皇帝是政府的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个文官政府的运转就可能陷于停顿。到十七世纪初期，由于神宗不理朝政，官员空缺的现象非常严重。万历三十年（1602年），南、北两京共缺尚书3名、侍郎10名;各地缺巡抚3名，布政使、按察使等官66名、知府25名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书12名，侍郎24名，这时总共缺了近三分之一。到万历四十一年（1613年）十一月，南北两京缺尚书、侍郎14名。
地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。由这样的情形，可以想见万历后期政府运作的效率。御史袁可立趁雷震景德门之际上了一道奏疏，直接指责神宗：“若郊视不亲，朝讲久废，章奏之批答不时，宫府之赏罚互异，叙迁有转石之艰，征敛有竭泽之怨。是非倒置，贤奸混淆。使忠者含冤 ，直者抱愤，岂应天之实乎？ ”
随后被震怒的神宗罢官为民。时神宗委顿于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。正如梁启超说，明末的党争，就好像两群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。这样的恶果，未尝不是由神宗的荒怠造成的。