位高权重，风光无限
国家的状况一天天好转，张居正位高权重，一时风光无限。
万历六年，张居正离京归葬老父，一路不仅有尚宝少卿和锦衣卫护送，戚继光还派来了铳手与箭手保镖。
最夸张的，是他乘坐的轿子。它有个专门名称――如意斋。这轿子一共分为两部分，前半部叫“重轩（起居室）”，后半部是卧室，两旁有走廊，童子在左右侍侯，为之挥扇焚香。如此豪华之极的庞然大物当然不是八个人所能扛起来的，而是闻所未闻的“三十二抬”大轿，比皇帝的出巡犹有过之而无不及。
万历十年春，张居正身患重病，久治不愈，朝廷大臣上自六部尚书下至冗散，无不设斋醮为其祈祷。他们纷纷舍弃本职工作，日夜奔走于佛事道场，把祈求平安的表章供上神坛，长跪不起。官僚们争相雇募文人词客，代写表章，各地封疆大吏莫不争相仿效，其排场之大，连后来万历皇帝病重时也无法企及。
知我罪我 在所不计
万历十年，张居正积劳成疾，因患直肠癌病逝。让人始料未及的是，他去世刚半年，倒张的活动就迫不及待地展开，接踵而起的是连篇累牍的弹劾，他生前所有的封号都被取消，张家满门查抄，长子自杀，次子充军，全家饿死十多人。
中国历史上的改革家大多不得善终，因为改革势必要触犯既得利益集团的利益，难免遭致他们的反对。张居正在政治上是一个有深谋远虑的铁腕宰相，却独独没有给自己留后路。
张居正说过，“知我罪我，在所不计”。他求的是把自己认为正确的事情做成，而不是为了获得或避免某种评价。正是这种担当的精神，才使新法一推十年，挽救了大明王朝的江山。张居正早在内阁混斗、自己政治生命岌岌不保的时候，写过一偈：“愿以深心奉尘刹，不予自身求利益”，他的确做到了。
有人说张居正腐败，事实上，所有求官的人送的钱财，只要不是朋友，张居正都退回了。他对下人管教也非常严格，有一次管家游七收了一个人的钱，张居正把他的腿都打断了。而他的政治导师徐阶给他送来的，他说“惶愧纳之，不甚感谢。”他觉得这个东西如果不收，一定是他变了，无法取得徐阶的信任。他把属于礼节的东西和有目的的东西，前者称为“人情”，后者称为“贿赂”，分得很清楚。
明朝的政治，充满无数腐化的因素。现代认为不应存在的事实，在当时只是一种习惯。因此从事政治生活的人，随时随地，都受着物质的诱惑，也就随时随地，会蒙到仇敌的指摘。
令人玩味的是，张居正死后不足四十年即被平反，为他喊冤的不仅有他的支持者，还有被他打击、与他结怨的反对派。他们为了曾经的政敌，奔走呼号，鸣冤昭雪，岂料改革的盛景已时不再来。历史就是这样令人悲欢啼笑，它嘲讽的不是张居正跌宕起伏的人生，而是断送改革的体制，世态炎凉的人心！
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在剧中，高拱行为的中心就是打击张居正的势力，他发誓一定要把张居正赶出内阁，而且急不可耐，越快越好，这与史实是不相符的。事实上高拱并未成心排挤张居正出内阁，张居正与他政见多同，两人合力配合在强军安边、俺答封贡、发展商业等方面都有所建树。
隆庆帝从不崇道炼丹
明代皇帝确实喜炼丹药，尤以嘉靖皇帝为甚，他死前不久，方士王金等还进献丹药。有此前车之鉴，其子隆庆皇帝虽好游乐，爱女人，疏于朝政，却并不崇道，直至驾崩，也无召延道士炼丹治病之事。
“京察”怎能不惩庸官贪墨？
剧中演到“京察”一段时，既没有表现张居正集中处置高拱一派的官员，也不提清除、降调那些不称职的庸官贪墨，而用心表现高拱及其党羽的破坏活动，以及张居正对高拱及其亲信何等的宽宏大量，这是完全不符合史实的。如果“京察”真是这等察法，那张居正的改革是无论如何不会成功的。如此为了凸显张居正的厚道，而拔高人物，却反倒将他描绘成庸人了。