在推翻元朝之际，中原汉人皆欢欣鼓舞，扬眉吐气，强烈要求朱元璋彻底清算元朝统治者的罪恶。可朱元璋却并没有这样做。元顺帝仓皇北逃后，明军俘获了皇子买的里八剌。大臣们要求在南京举行献俘典礼，以庆祝胜利。朱元璋却拒不同意，理由是这是对前皇子的侮辱。他说：虽古有献俘之礼，不忍加之。在进军大都之时，他要求军队不得危害元朝皇亲贵族：元之宗戚，咸俾保全。对俘获的元朝贵族也一概予以尊礼，封很高的爵位，让汉族人继续对他们行礼如仪。甚至在推翻元朝之后，大臣们纷纷献上捷奏之章，批判元代皇帝无道，颂扬洪武皇的雄武，也让朱元璋很不满意，因为奏章里面有贬低元朝君主的词汇。朱元璋对宰相说：元主中国百年，朕与卿等父母皆赖其生养，奈何为此浮薄之言？亟改之。
对中原汉人来说，推翻了蒙古人的统治，是拨开云雾，重见青天，大多数汉人都不承认蒙古人统治的正统地位。但朱元璋却承认蒙古人的统治是正统，并从各个角度，竭尽全力为元朝的正统性辩护。在即位告天文中，他这样说：惟我中国人民之君，自宋运告终。帝命真人于沙漠，入中国为天下主，其君父子及孙百有余年，今运亦终。也就是说，元朝的统治是受命于天，光明正大，理所当然。值得注意的是，他不但将元灭南宋后的几十年视为正统，且将元、宋并存的十几年亦视为元的正统。
不止于从天理的角度承认元朝的合法性，朱元璋还从个人感情角度，表达对元朝统治的感恩戴德之情：元虽夷狄，入主中国，百年之内生齿浩繁，家给人足，朕之祖父亦预享其太平。这似乎就更不好理解了。在大元帝国的统治下，他父亲朱五四到处迁徙，终于落得饥饿而死，朱元璋也没过一天好日子。按理，他应该对大元怀有刻骨仇恨才对，怎么居然歌功颂德感激涕零起来？
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