那些响应吴三桂的势力，康熙为了瓦解他们，是怎么做的呢。康熙派张勇守御四川通往陕甘的要道。张勇“镇守秦巩，复殚心筹划，调度合宜”，多次击退北犯的吴军。吴之茂率兵逾风水岭，屯踞北山，阻断临巩之路，使清军无从觅饷。康熙十五年（1676年）六月，张勇与佛尼勒、王进宝联合会剿，于牡丹园、西河县北上击溃吴之茂，吴之茂大败，仅剩十余骑翻山逃脱。王辅臣自叛后，始终不离开平凉。他明知清军源源不断而来，重重围困，他所占的地盘难以长久坚守下去。他本可突围出来，或去四川，与王屏藩部会合；或南下，向吴三桂部靠拢都是一步“活棋”，仍可避免被歼。
但他并未这样做，究其原因，他与吴三桂、耿精忠等人奋起抗清有所不同，他叛变乃是由于深受刑部尚书陕西经略莫洛的轻蔑与欺侮而乱杀莫洛起而叛变的。康熙了解其中内因故对他表示原宥，特把他儿子王继贞从京城放回来，以安定王辅臣的心同时派科臣苏拜携带他的招抚谕旨前往陕西，招抚王辅臣归顺王辅臣叛后，仍与朝廷维持臣属关系。他迟迟不投降，主要出于畏罪心理，以为朝廷不会放过他，将来会寻机会惩处他。他坚持留在平凉，乃是留有同清妥协或归降的余地。此时，图海已完成对平凉的包围。朝廷前后增兵，已达十万人马，全部环绕城外重重围困。王辅臣就是想突围而走，也突围不出去了。
在此形势下，图海派参议道周昌入城招抚王辅臣迫于势穷粮尽，听从了周昌的劝告，随派副将谢天恩出城，表示愿降。又派布政使袭荣遇等出城，向图海献平凉军民册，其子王继忠及总兵蔡元等上缴三桂的所授册书、平远大将军印、陕西东路总管将军印各一颗及诸札付文件。随着王辅臣的归顺，固原巡抚陈彭、庆阳总兵周扬、下峪关总兵王好向以及云南土司总兵陆道清等均率部相继归降，西北宣告平定。康熙帝以王辅臣悔罪投诚，对其采取宽大态度，仍官复原职，加太子太保，提升为靖寇将军，命其立功赎罪。由于王辅臣归顺，陕甘人心亦随之改逆从顺。“辅臣在三边素有名，秦中见其弃三桂而归本朝，人心俱改逆而从顺矣。”
随着西北的平定，吴军与四川叛军纷纷退出陕甘地区。奉命前来援助辅臣的吴之茂闻平凉已破，便率部从秦州退却。将军穆占进兵东门三桂将王屏藩逃遁。西北平定，对清朝具有重要战略意义。它剪除了三桂在西北的羽翼，使其气势大挫。清朝很快从西北战场脱身，调出西北劲旅开赴湖南战场，加强了清军对湖南进攻能力，这对三桂是个致命打击。然而吴三桂有恃无恐，他除了占据云贵湖川广大地区，还拥有以靖南王耿精忠为核心的东南战场和两广战场，兵力相当雄厚，占有许多战略要地，对清廷仍然构成重大威胁。其中，吴三桂特别倾注的是以耿精忠为中心的福建、江西、浙江三省的东南战场。