据康熙五年的《蒲城县志》和《清世祖实录》上记载，“三桂、国翰遂屠之，杀戮万余人，匕筋无遗”。说明了吴三桂确实曾屠了蒲城县，入城后杀了一万多人，抢光了所有东西。
这到底是怎么一回事呢？
顺治六年，在清多铎病故，北方起义越来越频繁的时候，明降将王永强见时机成熟，也响应号召，反清复明，效忠南明小朝廷。王永强义军与高有才等人会合，占领了榆林，之后乘胜拿下了陕北十九个州县，王永强等人一路连胜高歌，到达关中，受到蒲城人民迎接，清廷震惊。但多尔衮此时却无暇顾及起义，抱病在和南明军队周旋，于是让吴三桂前去镇压。
开始的时候王永强部士气正旺，情绪高涨，战斗力颇强，吴三桂部队匆忙赶来，被王永强一举击败。这在《蒲城县志》记载：王永强所部将士，多三边劲卒，骁勇善战，衣皂甲，持枣枝，当者立毙，所向披靡，一举将清军击败”。这是吴三桂关宁铁骑首次败仗。
吴三桂在吃了亏后，不敢与王永强再硬碰硬了于是心生一计，他假装败逃，将一生装备丢在了路上，吴三桂的军队是关宁铁骑，装备相当好，王永强的部队看到好东西，一路捡，顿时没了戒心，吴三桂乘机反扑，义军溃败，王永强也在此战中阵亡。
吴三桂趁势包围了蒲城，但蒲城军民依然不投降，并多次打退了吴三桂的攻势，甚至还差点被火炮轰死。吴三桂恼羞成怒，猛攻城池。最后蒲城破，吴三桂大肆屠戮。
吴三桂为何屠城呢？
不难看出气急败坏是原因之一，毕竟他在此战中关宁铁骑第一次吃瘪，甚至还差点在这被炸死了，这让他越想越生气，最终屠城。
当然屠城时还有一人，他是李国翰，虽然是汉人，但却是皇太极的侍卫，清朝皇室的家奴，后来逐渐提拔成清朝将军，是清的心腹。多尔衮派他和吴三桂一起来，无非是想看看吴三桂买不买力。吴三桂想投都投降了，要投干脆，得像清表露自己的决心，不能让主子怀疑，先要做给李国翰看看，于是在李国翰面前选择了屠城，用屠城来邀功。
除此之外，当时起义频发，不仅是王永强，王永强只是响应起义的。除了王永强，光西北还有大同总兵姜瓖和陕北郭毓奇等人。吴三桂屠城无非也想告诉想起义和已经起义的人自己的手段，让相起义的不敢起义，已经起义的人没了斗志。当时清军屠城不止是蒲城县，还有很多大屠杀，著名的就有扬州屠杀、嘉定屠杀、大同大屠杀等，屠城似乎在清军看来是抑制反叛的最好方式。