康熙二十二年六月，奉旨专征台湾，统帅福建舟师迅速攻取澎湖，尔后，利用有利的态势，主动、积极地招抚台湾郑氏集团，促使郑氏集团放弃抵抗而就抚。台岛不战而下。其时，清廷内部对台湾地位的重要性认识不足，对是否留台存在争议。施琅站在维护国家的一统和安全，巩固沿海地区的社会秩序和保护中国的海洋权益的高度，上疏力主留台卫台。在分管兵部的东阁大学士（宰相）潘湖叟黄锡衮的支持下，施琅（乃分管兵部的内阁大臣潘湖叟黄锡衮的妹夫）的真知灼见打动了康熙帝和朝中大臣，清廷终于决定在台湾设府县管理，屯兵戍守。此后，台湾除了在甲午战后曾被日本侵占五十年外，再也没有离开过祖国的怀抱。在相当长的历史时期里，东南海疆宁靖，两岸人民安居乐业，社会经济文化得到长足的进步。
郑经接替郑成功后，由于内部陈永华（郑克臧岳父）和冯锡范（郑克u岳父）发生内讧。病中的郑经把政务交由长子郑克臧处理，克臧聪明能干，做事井井有条，从来没有过失，也很受郑经的宠爱和信任。郑经病逝后，冯锡范毒死郑克臧，立11岁的傀儡郑克u为延平王，冯锡范专横，贪赃枉法，大失人心。1664年施琅建议，乘他率兵攻取金厦新胜，进攻澎湖，直捣台湾，使四海归一，边民无患。
1667年，孔元章赴台招抚失败后，施琅即上《边患宜靖疏》，次年又写《尽陈所见疏》，强调从来顺抚逆剿，大关国体，不能容许郑经等人顽抗，盘踞台湾，而把五省边海地方划为界外，使赋税缺减，民困日蹙;必须速讨平台湾，以裁防兵，益广地方，增加赋税，俾民生得宁，边疆永安。他分析双方的力量，指出台湾兵计不满二万之从，船兵大小不上二百号，他们之所以能占据台湾，实赖汪洋大海为之禁锢。而福建水师官兵共有一万有奇，经制陆师及投诚官兵为数不少，只要从中挑选劲旅二万，足平台湾。他主张剿抚兼施，从速出兵征台，以免养痈为患。施琅这一主张，受到以鳌拜为首的中央保守势力的攻击，以海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全为借口，把他的建议压下来。施琅的议谏被束之高阁，甚至裁其水师之职，留京宿卫，长达13年，但他仍然矢志复台报仇，坚韧不拔。在京之日，他注视福建沿海动向，悉心研究风潮信候，日夜磨心熟筹，以俟清廷起用。
康熙二十一年（1682年）十月，清政府平定了三藩之乱后，施琅终于在李光地等大臣的力荐下，复任福建水师提督之职，加太子少保衔。他回到厦门后，便日以继夜，废寐忘食，一面整船，一面练兵，兼工制造器械，躬亲挑选整搠，历时数月，使原来全无头绪的水师船坚兵练，事事全备。1683年6月14日，施琅督率军由铜山出发，很快攻克了郑氏集团在澎湖的守军刘国轩部，此后，施琅又一面加紧军事行动，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。在施琅大军压境之下，郑克u茫然的说：人心风鹤，守则有变;士卒疮痍，战则难料。还是应当请降，以免今后追悔莫及。郑克u毕竟是聪明的，听从了刘国轩的劝告。
8月13日，施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。施琅入台之后，自往祭郑成功之庙，对郑氏父子开辟台湾的功绩作了高度的评价，自称克台是为国为民尽职，对成功毫无怨仇。（原祭郑成功文：自同安侯入台，台地始有居民。逮赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何。今琅赖天子威灵，将帅之力，克有兹土，不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄之职分也。独琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢，中间微嫌，酿成大戾。琅与赐姓，剪为仇敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已。祭毕，施琅哽不成声，热泪纵横。郑氏官兵和台湾百姓深受感动。赞扬施琅胸襟宽广，能以大局为重。冷静处理公义私怨的关系，远非春秋时期的伍子胥所能比拟）。以上几个方面显现施琅攻打台湾不为私仇，而是为统一国家立下汗马功劳。
施琅一开始就坚决反对迁界。他说：自古帝王致汉，得一土则守一土，安可以既得之封疆而复割弃？直到1683年他率兵占领台湾后再请于朝，沿海迁民才悉复其业。于是被弃的民田渐次垦辟，从福建到广东，沿海禾麦，一望良畴。人民无限感激施琅，都异口同声地说：台湾未平，此皆界外荒区。平后，而荒烟野草复为绿畦黄茂，圮墙垣复为华堂雕桷。微将军平海，吾等无以安全于永久也。施琅复台捷报抵京时，正值中秋佳节。康熙看到大明最后一块抵抗根据地终于沦陷了，喜不自胜，即解所御龙袍驰赐，亲制褒章嘉许，封施琅为靖海侯，世袭罔替，令其永镇福建水师，锁钥天南。康熙三十六（1697年），施琅卒于住所，葬在惠安黄塘虎窟。此时康熙帝御旨追加赠太子少傅，谥襄壮，命官3次谕祭，并于泉州府学前建祠祀之。其是，两岛八闽皆顷德，纷纷为之树碑扬誉。十九都有靖海侯坊，阳义辅立康熙制诗句上将能宣力，南纪尽风流，同安等地立绩光铜柱、泽普南天、勋高大树、泽沛甘棠等碑坊，表彰施琅的丰功伟绩。总而言之，作为一代名将，施琅身上有许多闪光的东西，诸如大一统思想，海防和海权思想，不畏艰难险阻的意志和毅力，敢于据理力争、知无不言的作风，还有他的文韬武略等，这一切都值得理直气壮地纪念他。