戊戌变法被慈禧叫停，主要有以下几方面原因：
权力利益冲突
慈禧的权力核心地位受到威胁：慈禧太后是清朝晚期实际上的最高掌权者，光绪帝虽然名义上是皇帝，但实际权力有限。变法过程中，光绪帝试图通过变法扩大自己的权力，摆脱慈禧的控制，这使得慈禧感到自己的权力核心地位受到了严重威胁。
触动守旧派利益：变法中的一些措施如裁撤冗官、精简机构等，直接触动了满洲贵族和守旧派官员等既得利益者的利益。大量闲散衙门被裁撤，涉及人员众多，这些人纷纷向慈禧哭诉、告状，引发了守旧派的强烈不满和抵制，慈禧为了维护自己的统治基础，不得不考虑守旧派的利益诉求。
变法措施激进及改革派自身问题
变法过于激进：变法派在短时间内推出了大量的改革措施，涉及政治、经济、文化、军事等各个方面，且有些措施过于激进，在实施过程中缺乏充分的准备和配套措施，使得社会各阶层难以适应，引发了社会的不稳定。如在没有充分考虑到科举制度废除后广大士人的出路问题的情况下，就急于废除八股文。
改革派缺乏政治经验和实力：康有为、梁启超等维新派人士大多是年轻的知识分子，他们在朝中并无实权，也缺乏政治经验和政治手腕。在变法过程中，他们过于依赖光绪帝的支持，没有能够团结和争取更多的政治力量，也没有建立起自己的政治势力和社会基础，难以与守旧派相抗衡。
外部因素影响
对变法派与列强关系的疑虑：康有为与日本前首相伊藤博文交好，并邀请其担任变法顾问，还提出 “中美英日合邦” 等主张，引发了慈禧的疑虑和担忧。慈禧担心变法派与列强勾结，会损害国家的主权和利益，危及清朝的统治。
国际形势的压力：当时中国面临着列强的侵略和瓜分，国内局势动荡不安。慈禧太后担心变法会引发社会的更大动荡，给列强以可乘之机，进一步加剧国家的危机。她更倾向于维持现状，通过传统的统治方式来稳定局势。