嘉定三屠的故事背景主要有以下几方面：
清军入关与政权更迭：
1644 年，清军入关进入北京，建立起中原新王朝。而南逃的明朝士大夫、太监、军阀等，在南京拥立南明宗室建立了南明王朝。随后，1645 年五月初九，清兵破南京，南明弘光皇帝朱由崧再次南逃，至此清政府已基本控制了中原地区，江南大部分地区也臣服于清政府。
嘉定的初步归顺与形势变化：
1645 年五月三十日，嘉定县令钱默弃官出逃。清政府先派遣安抚官员周荃至嘉定招抚，嘉定百姓张灯结彩欢迎清军，在门上书写 “大清顺民” 以示归顺。但随后局势发生变化，剃发令的推行激化了矛盾。
剃发令的推行及其影响：
清政府对于让汉人剃头最初态度相对谨慎，但随着逐渐控制中原地区和江南大部分地区，部分归顺清政府的汉人官员自发剃发以表忠心，清政府认为推行其制度的时机成熟，于 1645 年六月再次下剃发令，命令江南人民在十天内一律剃头，并提出 “留头不留发，留发不留头” 的强硬口号。这对于当时的汉人来说，“身体发肤受之父母，不可损失” 的传统伦理观念根深蒂固，清政府的剃发令被其视为违背传统的侮辱行为，遭到了江南地区传统知识分子的抵制，下层民众也对此感到愤怒，江南各地因剃发令不断发生骚乱。
嘉定人民的反抗情绪与组织：
在这种背景下，嘉定地区人民的反抗尤为激烈。1645 年六月二十四日，数百人头裹白布，在明吴淞总兵吴志葵的率领下，对嘉定的清政府官员进行反抗。随着反抗斗争的展开，嘉定百姓推举了进士黄淳耀、前左通政侯峒曾作为反抗领袖。在黄、侯二人的主持下，嘉定百姓布置了守城方案，群情激奋，挎刀相从，用木石垒在街道上阻断道路，以此阻止清军前进，并制定了 “挨门出丁法”，保证了守城兵丁之用。