在朝上，慈禧拿出有人弹劾他是康党的奏折给他看，没想到李鸿章硬呛呛地说:“若旧法能强国，吾国早已强矣。即变法则为康党，臣罪无可逃，臣实是康党。”
1898年9月，光绪的一个雷霆动作引发了轩然大波。
9月初，礼部一个与康有为关系密切的六品主事王照看到皇帝与太后关系微妙，大胆上了一个奏折，建议光绪母子二人出访外国，并以日本为出访的第一站。礼部尚书怀塔布认为奏折太出格，便将奏折扣下。光绪知道这件事后，大发雷霆，认为礼部尚书无端阻挠言路，将礼部尚书怀塔布、许应与另外四个侍郎一同革职，让王照连升三级，官至三品，以示激励。紧接着，光绪又下了一道更令人惊骇的圣旨:任命四位新军机章京，他们是:内阁候补侍读杨锐、刑部候补主事刘光第、内阁候补中书林旭和江苏候补知府谭嗣同。明确规定:所有奏章，由4人圈阅；所有上谕，均由4人拟定。原来的王公大臣和军机处之军机大臣，被搁置一边。这样处理问题的方式虽然表示了光绪帝的变法决心，但明显暴露出光绪在处理事务上的草率和鲁莽。毕竟，名不正而言不顺，以区区四品，怎么指挥那些一品二品大臣呢？朝廷老臣顿时不满，他们纷纷跑到颐和园向太后哭诉。
没过几天，事情轮到在家赋闲的李鸿章了，光绪突然下诏:罢免李鸿章总署大臣之职，令其勿在总理衙门行走。
接到圣旨的李鸿章不由得啼笑皆非，此时，李鸿章已基本赋闲在家了。
在此之后的局面更不可收拾了。大约是光绪自感压力很大，维新政策推不动，整日在宫中大发雷霆，弄得手下大臣和太监惶惶不可终日。朝廷老臣们不敢怪罪于光绪皇帝，于是，便迁怒于那些变法的维新党人。时间到了9月下旬，北京的政局变得更加微妙了。慈禧凭着丰富的政治经验，感到维新局面的渐渐失控，感到了威胁的阴影。而这时候，光绪方寸大乱，不知要做些什么，并且，一意孤行听不得别人的意见。更让人觉得鬼使神差的，可能是光绪预先知道危险信号了，他突然下旨，让康有为离开京城。到了下旬，一件事情让颐和园的慈禧觉得非常震惊――日本前首相伊藤博文访华，光绪安排20日在宫中接见他，外界传闻光绪拟聘伊藤博文为清国维新顾问；同时拟邀担任清国顾问的，还有美国人李提摩太。这样的说法让慈禧很生气，毕竟，伊藤和日本是清国的仇人，旧恨未消，皇上却私下有这样的打算，实在有伤体统！慈禧一直是一个爱面子的人，在她看来，面子是做人最根本的，更让慈禧感到危险的是，有人报告，光绪召见了驻扎在天津小站的新军首领袁世凯！
9月20日这一天在一种微妙无比的气氛中度过:早晨，光绪在宫中第三次召见袁世凯；上午，康有为离开了生活数年的南海会馆，悄然“奉旨出京”；中午，袁世凯乘火车回到天津；下午，光绪接见了伊藤博文，会见的同时，慈禧在屏风那边聆听。21日，慈禧宣布重新训政，下令捉拿“结党营私、莠言乱政”的康有为、康广仁兄弟。24日，朝廷宣布将张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第革职治罪。26日，上谕派御前大臣会同军机大臣、刑部、都察院审讯此案。28日，军机大臣传谕刑部，将谭嗣同等6人一起绑赴菜市口正法。被杀的6人，史称“戊戌六君子”。
维新的结果真的被李鸿章预料到了。变法由于缺乏必要的手段，缺乏根基和策略，缺乏缜密的实施方案，缺乏方向性，也缺乏争取与妥协，最后不可避免地变成带有悲壮意味的一厢情愿和一意孤行，导致了最后的失败。在贤良寺，李鸿章在第一时间里听到了这样的变故，惊诧之余，李鸿章也颇为难过。对于维新改革，李鸿章的内心一直很复杂。毕竟，戊戌变法是应该迈出的一步，而这第一步刚刚迈出，就输得一塌糊涂。
那段时间里，李鸿章一直把自己紧闭在贤良寺中，他既没有参与慈禧幽禁光绪的行动，也没有发表同情光绪维新的言语。他与这一切都保持着距离，只是暗中设法保护一些“新党”人士。9月24日，李鸿章宴请伊藤博文及其随员大岗育造，酒过三巡之后，谈起康梁变法。李鸿章先是试探伊藤博文的态度，然后为康梁辩解说:“论其罪状，无非煽惑人心，致于众怒。”对于朝廷重责的罪人，李鸿章的看法还是与他们不一样，只是轻描淡写地带过，并且预言:康梁日后必大有作为！
不过老辣而狡猾的李鸿章还是借助于维新变法的失败让自己东山再起了。政治就是一种多人围坐的扑克牌局，即使是同仁身败名裂，自己仍可以从中获利。李鸿章是深谙政治牌道的。1898年11月，朝廷在平息了戊戌变法之后，打算废立光绪，慈禧最担心的是洋人们集体干涉，于是派荣禄来李鸿章这里，想让李鸿章打探消息，安抚洋人。李鸿章就汤下面说:“洋人直接的态度可能难以直接问起，不如任命自己为两广总督，这样，各国领事就会来祝贺，到那时，就好跟洋人们沟通了。”荣禄回去后向慈禧转达了李鸿章的意思。平息了维新变法的风波之后，慈禧此时正想借助于老臣们的力量稳定政局。这种情况下，上谕很快就下了，李鸿章东山再起，被任命为两广总督。李鸿章愉快地接受了这样的任命。
冬日的阳光下，李鸿章在贤良寺的门廊里迎接着英国公使窦纳乐的到来。英国公使首先祝贺李鸿章被重新任命，说自己是特意来为他送行的。李鸿章为公使安排了家宴，在酒宴上，窦纳乐突如其来发问道:“听说贵国要废掉光绪皇帝？”
问话的同时，窦纳乐死死地盯着李鸿章的脸，试图在这张苍老的面容上寻找一些蛛丝马迹。李鸿章没有任何表情，只是用一种标准的外交辞令温和地说:“公使大人，我想，无论如何，这应该是中国的内政问题吧？”窦纳乐也不甘示弱，一板一眼地说:“我是大英帝国的驻华公使，如果以后有外交上的交涉，关于中国的最高元首，除了光绪皇帝之外，大英帝国不承认别的什么人。”李鸿章点点头，他算是明白英国公使的态度了。
值得一提的是，在对待维新变法的事情上，李鸿章一直坚持着自己的看法，丝毫也没有因为朝廷对于康有为的态度而改变。戊戌变法失败之后，各地纷纷奉懿旨捉拿康梁。准备就任两广总督的李鸿章临走前晋见慈禧谢恩，在朝上，慈禧拿出有人弹劾他是康党的奏折给他看，没想到李鸿章硬呛呛地说:“若旧法能强国，吾国早已强矣。即变法则为康党，臣罪无可逃，臣实是康党。”慈禧没料到李鸿章竟这样回答自己，一惊之下，竟不知怎么把话题问下去了。李鸿章到了广州之后，又有人向他请教对康有为的看法，李鸿章再次脱口而出:“朝廷意抓康党，尔等无需怕，吾即是康党！”把在场的人吓了一大跳。在这件事上，李鸿章可以说是悲愤交加，对于朝廷如此对待改革者的方式，李鸿章伤透了心。从本质上说，李鸿章一直是比较有个性的人，只是在很多时候，出于各种各样的利益和权衡，李鸿章将个性隐藏了起来，给人一个老谋深算的印象。在经历一系列大起大落之后，77岁的李鸿章已觉得无所谓了，他看透了清国腐朽而顽固的做派，
也对这个风雨之中的朝廷深感失望。尽管李鸿章与康有为在很多地方的观点不尽相同，方法也不尽相同，但康有为们遭到的下场，不免让李鸿章伤透了心。在这样的情况下，李鸿章冒出这样的话来，也不足为怪了。
不仅如此，在对待康梁问题上，李鸿章还有一系列相应的行动。当康有为和梁启超流亡国外，惊魂未定之时，令他们感到意外的是，他们竟收到了李鸿章托人捎来的“问候”，甚至还收到了李鸿章的一封亲笔信，在信中，李鸿章勉励康梁“精研西学，历练才干，以待他日效力国事，不必因现时境遇，遽灰初心”。一个清国显赫地位的高官如此慰问流亡海外的朝廷通缉犯，自然让人感动。康梁急忙回信，以表达自己的感激心情。对于康梁，李鸿章确实是有“私爱”的，不管是对维新党人的同情也好，还是给自己留后路也好，李鸿章最起码表现了自己的勇气和主见。中国的确需要关键时候能够立得起来的人才，需要有新观念、新思想，有想法，有胆略的新式知识分子，李鸿章幻想着有朝一日如果真正地对清国进行改造的话，那么像康梁这样的人才，是必然要用的。
1900年1月，在贤良寺居住了5年之久的李鸿章离开了京城。在接到朝廷的任命书后仅10天，李鸿章就带着他的三眼花翎，像一只候鸟一样飞去了南方。