对当时主和的李鸿章作出以下批评："对中国而言，十个法国将军，也比不上一个李鸿章坏事"；"李鸿章误尽苍生，将落个千古骂名"。
李鸿章恼怒之余，决定拿左宗棠的下属开刀，指使亲信潘鼎新、刘铭传等陷害攻击"恪靖定边军"首领王德榜、并诬告台湾道刘璈，弹劾诬告刘璈十八款，使他们失去兵权并丧命。
左宗棠上书朝廷为属下鸣冤叫屈，但一个月后就于7月27日（阳历9月5日）在福州病故，享年七十三岁，朝廷追赠太傅，谥号文襄。祀京师昭忠祠、贤良祠，并建专祠於湖南及立功诸省。
清末重臣左宗棠逝世于1885年。关于他的死，一般史书都只说是病死，至于病死详情，几乎都未述及。而据左宗棠同时代人吴光耀《纪左恪靖侯轶事》记载，原来左宗棠是在中法战争期间，因忧愤时局过度而暴病呕血辞世的，而且在临终之前，还有一段生动的故事。
中法战争爆发后，左宗棠于1884年9月奉命前往福建督师，指挥闽海战役。他一到防地，就日夜奔走各营地之间，加紧训练作战部队。他每到一地，即高呼"娃子们快造饭，料理裹脚草鞋，跟我去打洋人！"谆谆不绝于口，很快使军心大振，士气剧增。
1885年农历年来临之际，很多将士都在准备过年，但是左宗棠却下令说："今日不准过年，要出队！洋人一定会趁过年之机攻打厦门，所有将士都跟我去打仗，我亲自充当前锋！"这时左宗棠已是73岁老人。正月初一这天，福建总督杨昌浚和福州将军穆图善前来贺年，两人见左宗棠要去打仗，连忙劝阻说："洋人最怕中堂大人，自然不敢来，中堂大人还是不要去了。"左宗棠一听，声色俱厉地训斥两人说："怕是打出来的！你们不去打，洋人怎么会怕？"又说："你们二人已是大官，你们不去，我去！"果然不出左宗棠所料，法军真的趁过年之机，出动大队兵船来攻厦门。但因左宗棠布防及时，又亲临前线督战，法军在50海里外侦知清军有备，只得慌忙撤退。
中法战争最后以中国在中越边境重创法国侵略军而告终，岂料腐败透顶的清政府却以胜为败，竟于1885年6月与法国签订了丧权辱国的和约，打了胜仗反而赔偿战败者所谓"损失"。
和约签订后廷寄福州，左宗棠大失所望，气得全身发抖，不能成读。他一边大骂"李鸿章不是个东西"，一边仍然不停高呼"出队！出队！有了和约我还要打，从南边打到北边，看皇帝奈我何！"说罢浑身颤栗不止，突然口喷很多血块，昏迷不省人事，几天后就离开了人世，壮烈殉国。