祖逖北伐的失败对中国历史的发展产生了多方面深远的影响：
政治格局方面：
东晋偏安局面延续：祖逖北伐失败后，东晋失去了一次向北拓展、恢复中原的重要机会，偏安江南的局面得以继续维持。此后东晋朝廷内部的权力斗争依然激烈，门阀士族之间争权夺利，无心也无力再进行大规模的北伐。这使得东晋在很长一段时间内只能局限于江南地区，无法对北方的政治格局产生实质性的影响，中国在较长时期内处于南北分裂的状态。例如，东晋之后的宋、齐、梁、陈等南朝政权，尽管也有过一些北伐的尝试，但始终未能改变南北对峙的大格局。
北方政权更加稳固：祖逖北伐期间，对北方的一些少数民族政权如后赵等形成了较大的军事压力，使其不敢轻易南下。但随着祖逖北伐的失败，北方政权的外部威胁大大减轻，得以有更多的精力来巩固自身的统治、加强内部的整合。这使得北方的政治格局逐渐稳定下来，少数民族政权的势力不断壮大，为后来北方地区的政治、经济、文化发展奠定了基础。
民族关系方面：
民族融合进程延缓：祖逖北伐具有鲜明的民族战争性质，其目的是收复中原失地、驱逐北方的少数民族政权。北伐的失败使得北方地区的汉族人民继续处于少数民族政权的统治之下，民族矛盾依然尖锐。在这种情况下，民族之间的交流与融合受到了一定的阻碍，民族融合的进程延缓。北方少数民族政权为了维护自身的统治，采取了一些民族歧视和压迫的政策，导致汉族人民的反抗情绪不断高涨，民族关系更加紧张。
汉人南迁趋势加剧：祖逖北伐的失败让北方的汉族人民对东晋政权的北伐能力产生了怀疑，失去了对东晋政权收复中原的信心。为了躲避北方少数民族政权的统治和战乱，更多的汉族人民选择南迁到江南地区。这种大规模的人口南迁，一方面给江南地区带来了大量的劳动力和先进的生产技术，促进了江南地区的经济开发；另一方面也使得江南地区的人口结构发生了变化，汉族人口的比例大大增加，民族成分更加单一。
文化传承方面：
北方文化发展受到影响：祖逖北伐的失败使得北方地区长期处于战乱和少数民族政权的统治之下，文化的发展受到了严重的影响。北方的汉族文人学者为了躲避战乱，纷纷南迁到江南地区，导致北方的文化人才大量流失。同时，少数民族政权对汉族文化的重视程度不够，甚至采取了一些破坏文化的行为，使得北方的文化传承出现了断层。例如，许多珍贵的文化典籍在战乱中丢失或损毁，一些文化传统和技艺也逐渐失传。
江南文化得到发展：随着大量北方文人学者的南迁，江南地区的文化氛围日益浓厚。这些文人学者带来了北方的文化传统和学术思想，与江南地区的本土文化相互融合，促进了江南文化的发展。江南地区逐渐成为了中国文化的中心之一，涌现出了许多杰出的文化人物和文化作品，对中国文化的发展产生了深远的影响。