太宗即位，励精求治，多次将魏徵引入卧室，访问得失。 徵雅有经国之才，性又抗直，无所屈挠，太宗与之言，未尝不欣然纳受。征亦喜逢知己之主，思竭其用，知无不言。太宗尝劳之曰： 卿所陈谏，前后二百余事，非卿至诚奉国，何能若是？ 这一年，迁尚书左丞。
贞观二年（628年），魏征迁秘书监，参与朝政。太宗幸九成宫，因有宫人还京，憩于氵韦川县官舍。不久，右仆射李靖、侍中王珪相继到来，氵韦川县官员移宫人于别所，而令李靖等居于官舍。
太宗闻知此事后大怒说： 威福之柄，岂由靖等？何为礼靖而轻我宫人！ 下令立案审查氵韦川官员及李靖等人。为此，魏征进谏说： 靖等，陛下心膂大臣；宫 人，皇后扫除之隶。论其委付，事理不同。又，靖等出外，官吏访朝廷法式，归来，陛下问人间疾苦，靖等自当与官吏相见，官吏亦不可不谒也。至于宫人，供食之 外，不合参承。若以此罪责县吏，恐不宜德音，徒骇天下耳目。 唐太宗认为魏徵讲得很对， 乃释官吏之罪，李靖等亦寝而不问。 贞观二年（628年），隋通 事舍人郑仁基女年十六七，容色绝姝，长孙皇后亲后拜访才求得，请备嫔御，太宗聘为充华（充华为九嫔之一），诏书已出，策使未发。魏征得知此女已许嫁陆氏， 急忙向太宗进谏说： 陛下为民父母，抚爱百姓，当忧其所忧，乐其所乐 今郑氏之女已许人，陛下取之不疑，无所顾问，播之四海，岂为民父母之道乎？臣传闻 或未的，然恐亏圣德，情不敢隐，君举必书，所愿特留神虑。 太宗闻知郑氏女已许配陆氏，大惊，立即以手诏回答魏徵， 深自克责 ，于是令策使停止，使令郑 氏女归还旧夫。然而，左仆射房玄龄、中书令温彦博、礼部尚书王珪、御史大夫韦挺等人却说： 女适陆氏无显然之状，大礼既行，不可中止。 太宗犹豫不决，询 问魏徵，魏征坚持原议，太宗出敕书说： 今闻郑氏之女，先已受人礼聘，前出文书之日，事不详审，此乃朕之不是，亦为有司之过，授充华者宜停。 唐太宗终于 接受魏徵的进谏，时人莫不为之赞叹。
贞观五年（631年），权万纪与侍御史李仁发，一起以告讦有宠于皇上，诸大臣因此而很多人被责 备。为此，魏徵进谏说： 万纪等小人，不识大体，以讦为直，以谗为忠。陛下非不知其无堪，盖取其无所避忌，欲以警策群臣耳。而万纪等挟恩依势，逞其奸谋， 凡所弹射，皆非有罪。陛下纵未能举善以厉俗，奈何昵奸以自损乎！ 唐太宗闻谏默然无语，赐给魏征绢五百匹。
贞观六年（632年），文 武官员再次请太宗去泰山封禅，太宗不以为然。然而，群臣还是请求不止，太宗也想要听从，唯独魏徵以为不可。唐太宗问： 公不欲朕封禅者，以功未高邪？ 答： 高矣！ 问： 德未厚邪？ 答： 厚矣。 问： 中国未安邪？ 答： 安矣！ 问： 四夷未服邪？ 答： 服矣！ 问： 年谷未丰邪？ 答： 丰 矣！ 问： 符瑞未至邪？ 答： 至矣！ 问： 然则何为不可封禅？
魏徵答对说： 陛下虽有此六者，然承隋末大乱之后，户口未复， 仓廪尚虚，而车驾东巡，千乘万骑，其供顿劳费，未易任也。且陛下封禅，则万国咸集，远夷君长，皆当扈从；今自伊、洛以东至于海、岱，烟火尚希，灌莽极目， 此乃引戎狄入腹中，示之以虚弱也。况赏赉不赀，未厌远人之望；给复连年，不偿百姓之劳；崇虚名而受实害，陛下将焉用之！ 太宗闻言称善，议封禅一事因此而 中止。
唐太宗多次提倡臣下 上封事 ，为上书者所言事实保密。一次，太宗 嫌上封者众，不近事实，欲加黜责。 魏征为此进谏说： 古 者立诽谤之木，欲闻己过，今之封事，谤木之流也。陛下思闻得失，祗可恣其陈道。若所言衷，则有益于陛下；若不衷，无损于国家。 唐太宗闻谏后说： 此言是 也。
贞观十年（636年），侍中魏征屡次以 目疾 为由请求担任散官，辞去原有职务，唐太宗不得已以魏征为特进，仍知门下事，朝章 国典，参议得失，徒流以上罪，详事闻奏；其禄赐、吏卒并同职事。退位后，魏征又接连四次上《论时政疏》，陈述治国的方针大计的得失，上疏原文见于《旧唐 书 魏征传》的记载。
魏征虽然因目疾辞去侍中职务，依然经常向太宗直言进谏。贞观十年（636年），有人说三品以上官员对魏王李泰多 有轻视，而魏王又有被皇上所宠爱，太宗为此发怒，召集三品以上官员，声色俱厉地谴责道： 隋文帝时，一品以下皆为诸王所颠踬，彼岂非天子儿邪！朕但不听诸 子纵横耳，闻三品以上皆轻之，我若纵之，岂不能折辱公辈乎！ 宰相房玄龄等一班文武大臣，闻听皇上谴责， 皆惶惧流汗拜谢 ，唯独有魏征严肃地进谏说： 臣窃计当今群臣，必无敢轻魏王者。在礼：臣、子一也。《春秋》，王人虽微，序于诸侯之上。三品以上皆公卿，陛下所尊礼。若纪纲大坏，固所不论；圣明在 上，魏王必无顿辱群臣之理。隋文帝骄其诸子，使多行无礼，卒皆夷灭，又足法乎！
唐太宗闻谏后喜悦地说： 理到之语，不得不服。朕以私爱忘公义，以前很生气，自认为没有什么可生气的地方，及闻征言，方知理屈。人主发言何得容易乎！