大清王朝从建立之初开始，就有一条很重要的国策，那就是满蒙联姻。其实这项政策，早在大清还未建立，努尔哈赤时期就已经定下来了。那个时候，努尔哈赤起兵攻打明朝，又怕蒙古族人在背后捅刀子。如果硬起来，和蒙古族硬拼，先解决掉蒙古麻烦，先不说能不能打败，就算打败了，肯定也会消耗建州大部分的力量。所以思考再三，为了能够更顺利的征讨明朝，努尔哈赤选择了以怀柔政策来对待蒙古。
努尔哈赤选择了与蒙古族结盟，而古时候结盟，不像是现代签合同，有法律的保证。那个时候就算是签了协议，也能够随时撕毁，所以结盟最好的见证，就是联姻。与其说联姻是联络两部的关系，不如说是给两个部落之间上一层，大家都喜闻乐见的保险。因此选择了这么一项政策，建州就开始和蒙古各部联姻。
这种满蒙联姻的政策，到了皇太极当政期间，更为明显。科尔沁蒙古与建州接壤，而且两地间的习俗，最为相近，所以那个时候建州与蒙古联姻最多的就是科尔沁蒙古。以皇太极为例，他的第三任大福晋就是科尔沁的女人，名博尔济吉特。哲哲。皇太极的后宫，是最能体现这种政策的。哲哲嫁给皇太极多年后，一直没有生下一个儿子，没有生下一个具有两部共同血脉的继承者。于是皇太极又娶了哲哲的侄女，博尔济吉特。布木布泰，也就是历史上著名的孝庄太后。在孝庄多年来也只生下一个女儿的情况下，皇太极又将布木布泰的姐姐，海兰珠娶回来。一连娶了三个科尔沁的女子，而这种情况，也是等到布木布泰生下顺治帝之后，才停止。而在这期间，也不只是蒙古的女人，嫁到建州。建州的女子，也会被送往蒙古。就拿哲哲生的三个女儿来说，全都嫁给了蒙古部落贵族，为满蒙之间的和谐做贡献。
清军入关，到了顺治帝的后宫，蒙古族的女人还是占据大多数。又因为有孝庄这么一层原因，所以顺治帝的皇后，注定了就只有科尔沁的女子能当。但是也许是因为顺治帝幼年登基，而不管他亲政与否，头上都有多尔衮这么一个摄政王在上面压着，所以他极其厌恶这种被摆弄的生活。再加上，多尔衮和孝庄之间传出的流言蜚语，更让他在心底里，对自己的母亲有一种反叛性。所以孝庄的这一安排，对顺治来说，是很难忍受的。而他反叛的表现，就在于对蒙古女子的那种厌恶。
顺治帝先是废除了第一任蒙古皇后，本来以为这就算了。哪知道孝庄又让蒙古给他送来了一个皇后，这就是孝惠章皇后。说到这里就可以看出，孝惠章皇后和顺治帝之间的关系了，这两个人之间，肯定是不慕的。博尔济吉特氏比顺治帝小3岁，虽然年轻貌美，但过于忠厚老实，不善逢迎，所以入宫后并不得宠。等到后来，董鄂氏入宫之后，顺治帝更是哪哪儿都看她不顺眼。多次想要将她的皇后之位废除，让董鄂氏入主中宫，要不是有孝庄拦着，怕是已经成行。
虽然与顺治帝之间的关系，可以说是冷到了冰点，但是孝惠章皇后与康熙之间的关系，还是能够说的过去的。顺治帝死的时候，玄烨年幼，更是坐上皇帝的宝座。没了父亲的玄烨，日常教导，都是由孝庄安排。孝庄不仅选择有才之人，教导玄烨帝王之道。同时也通过自己给予玄烨家庭温暖，以及为人的道理。孝惠章皇后在这段期间，也帮助孝庄教导玄烨。她与玄烨之间，虽然不是亲生的母子关系，但不是亲生胜似亲生。在他们相处期间，玄烨待孝惠章皇后极为恭敬，玄烨到外地巡游时，多次奉皇太后同行。后来通过共同经历了孝庄的去世之后，两人之间的感情愈加深厚。等到孝惠章皇后重病离世，康熙甚至割辩以示哀痛之情。而这种行为，也只在孝庄去世后做过。所以这两人之间，其实是建立了很深厚的亲缘关系的。