僖宗即位时还是个幼弱的孩子，自然缺乏必要的理政能力，政事处置全部听由宦官之口――他们废长立幼，没有选择懿宗的长子而拥立12岁的皇子大概就有这样的考虑。僖宗在位期间最信任的宦官是田令孜。僖宗自幼就由田令孜照顾起居，感情上很是有些倚赖，并称呼田令孜为“阿父”，即位后便任命他做了神策军中尉。这样，僖宗朝的重大决策都掌控在田令孜手中了。
僖宗生于深宫之中，长在宦官之手，宫中生活场景能够带给他的就是可以肆无忌惮地游乐。事实上，他也的确是一个热衷游乐的皇帝。他喜欢斗鸡（《唐语林》说是“斗鸭”）、赌鹅，喜欢骑射、剑槊、法算、音乐、围棋、赌博，游玩的营生他几乎无不精妙。他对打马球不仅十分迷恋，而且技艺高超，他曾经很自负地对身边的优伶石野猪说：“朕若参加击球进士科考试，应该中个状元。”石野猪回答说：“若是遇到尧舜这样的贤君做礼部侍郎主考的话，恐怕陛下会被责难而落选呢！”僖宗听到如此巧妙的回答，也只是笑笑而已。
如果是太平之世的君主，搞一些喜欢的运动也无可厚非，但是僖宗在位时，政局已经非常混乱。懿宗时期担任翰林学士的刘允章在《直谏书》中已用“国有九破”描绘过当时紧迫的局势：“终年聚兵，一破也。蛮夷炽兴，二破也。权豪奢僭，三破也。大将不朝，四破也。广造佛寺，五破也。赂贿公行，六破也。长吏残暴，七破也。赋役不等，八破也。食禄人多，输税人少，九破也。”对天下苍生的生存状态，他总结了“八苦”、“五去”。八苦是：
官吏苛刻，一苦也。私债征夺，二苦也。赋税繁多，三苦也。所由乞敛，四苦也。替逃人差科，五苦也。冤不得理，屈不得伸，六苦也。冻无衣，饥无食，七苦也。病不得医，死不得葬，八苦也。
五去是：势力侵夺，一去也。奸吏隐欺，二去也。破丁作兵，三去也。降人为客，四去也。避役出家，五去也。
刘允章还说：“人有五去而无一归，有八苦而无一乐，国有九破而无一成，再加上官吏贪污枉法，使天下百姓，哀号于道路，逃窜于山泽。夫妻不相活，父子不相救。百姓有冤无处诉，有苦无处申。他们的出路何在呢？”
刘允章所说的严峻局面到僖宗朝不仅没有丝毫好转，而且是日益加剧。就在僖宗即位不久，爆发了濮州（今河南濮阳东）人王仙芝、冤句（今山东曹县北）人黄巢领导的大起义。黄巢是盐贩出身，由于唐朝末年食盐专卖，官盐价格昂贵，老百姓有吃不起盐而“淡食”者，所以造成了很多的私盐贩子，他们纷纷组织起来甚至搞武装贩运，这对于黄巢后来领导大规模的起义很有帮助。
黄巢起义爆发以后，州县欺瞒上级，朝廷不知实情。各地拥兵的节度使为求自保，坐视观望，所以起义军发展很快。后来，黄巢率部南下进攻浙东，开山路700里突入福建，攻克广州，而后又回师北上，克潭州，下江陵，直进中原。僖宗虽然对这一局势也很紧张，但并没有停止继续寻欢作乐，甚至在他为逃离长安做准备而任命剑南和山南道节度使时，竟然是用打马球赌输赢的办法决定人选。
广明元年十一月，由于唐军士气低落，所以高骈的镇压很不力，黄巢起义军攻克洛阳，十二月，轻易拿下潼关逼近长安。僖宗君臣束手无策，相对哭泣，宰相卢携因畏惧自杀。田令孜率五百神策军匆忙带领僖宗和少数宗室亲王逃离京城，先逃往山南（汉中），又逃往四川。僖宗成为玄宗之后又一位避难逃往四川的皇帝。
唐末诗人罗隐有《帝幸蜀》诗咏其事：“马嵬烟柳正依依，又见銮舆幸蜀归。泉下阿蛮应有语，这回休更冤杨妃。”（“阿蛮”是唐玄宗的小名。）号称“秦妇吟秀才”的唐末进士韦庄《立春日作》与此意境相同：“九重天子去蒙尘，御柳无情依旧春。今日不关妃妾事，始知辜负马嵬人。”不久黄巢进长安，建国号大齐，年号金统。而僖宗在四川躲避了整整4年。
在这期间，僖宗得到了喘息，他利用川中的富庶和各地的进献，组织对黄巢的反扑。义武镇节度使王处存、河中节度使王重荣等积极组织对黄巢的打击，出身沙陀族的河东太原李克用也率兵入援以助朝廷，尤其是被僖宗委以京城四面行营都统的凤翔节度使郑畋，得到了“便宜从事”的权力，更是积极组织围攻长安的黄巢。后来宰相王铎又被任命为诸道行营都统来发动对黄巢的进攻，原来首鼠两端的藩镇，也开始为了自己的私利而主动对朝廷表达忠心。