人物生平
临危护母
司马芝，字子华，河内郡温县人。少年时是书生，到荆州去躲避战乱，在鲁阳山里遇到贼寇。同行的人们都丢下老人和弱小逃走了。只有司马芝一个人坐在那里守护老母亲。贼寇来到后，用刀逼着司马芝。司马芝叩头说道：“母亲老了，杀了我之后放过我的母亲吧。”贼寇们说：“这是个孝子啊！杀他是不义的。”司马芝因此免于被杀，推着小车把他母亲拉走了。司马芝在南方住了十几年，亲自耕种，恪守礼仪节操。
主簿代兵
公元208年（建安十三年），曹操平定了荆州，任命司马芝作菅县长。当时天下政权刚刚建立，居民大多不遵守法律。郡主簿刘节是旧日的大族子弟，为人豪爽侠义，拥有一千多位宾客，外出就做盗贼，到宫署里则扰乱吏治。不久，司马芝派遣刘节的门客王同等人去当兵。掾史阻止说：“刘节家里从来就没有派人服过摇役，如果他们到时把人藏起来，一定给您造成亏空。”司马芝不答应，给刘节写了封信说：“您是豪门大家族，又在郡里担任重要职务，而您的宾客经常不服劳役，黎民百姓早就心怀怨恨和不满，有些流言已经被上级听到。现在征发王同等人去当兵，希望您能按时派遣他出发。”士兵们已经在郡里集结了。但刘节把王同等人藏了起来，还乘机让郡督邮伪称征调军队士兵去向管县索要。
县里的掾吏没有办法，请求让自己代替王同去当兵。司马芝就派人骑快马把一封信送到郡城济南，信上详细列举了刘节的罪状。太守郝光历来敬重司马芝，很相信他，当即下令让刘节代替王同去当兵。青州人民称司马芝能让郡主簿去当兵。后来司马芝升作广平县令。征虏将军刘勋，地位尊贵，受宠骄横。他又是司马芝原来所在郡里的将军。刘勋宾客和子弟们在司马芝的管界内多次犯法。刘勋给司马芝写信，不署上姓名，却在信中多次嘱托司马芝帮忙。司马芝没有给他回信，一概按照法律处理。以后刘勋由于行为不轨被诛杀，与刘勋交往并有关联的人全都获罪，而司马芝却因为不徇私而被人们称道。
宽恕嫌犯
不久，司马芝被提升为大理正。有人偷窃了官府的白绸放在厕所上面。吏卒们怀疑是女工干的，就把她们抓起来关进监狱。司马芝说：“处罚罪行时的失误，都是失误在用刑过分苛刻残暴上。现在先找到了赃物，然后才去审讯，求得供词。如果她们经不住拷打，有可能被迫说假话承认偷窃。根据假话定的案情，是不能用来判断罪案的。而且执政宽大简便，使人民容易服从，这是德行高尚人物的教化。不放过一个有罪的人，只是平庸世道的治理方法罢了。如今我宽恕了这些嫌疑犯，用来发扬使人民容易服从的道义，不也是可以的吗？”曹操接受了他的建议。司马芝历任甘陵、沛郡、阳平等地太守，所到之处都有政绩。
黄初年间，司马芝被调入京城任河南尹。他抑制豪强，扶持贫弱，私下请托也行不通了。正遇宫中太监想托司马芝办事，又不敢开口讲，就通过司马芝妻子的伯父董昭传话。董昭也害怕司马芝，不给太监传话。司马芝给下属官员们写了告示，规定教令说：“君王能够设立法令，却不能让吏员们一定不违犯法令。吏员们能触犯教令，却不能让君主始终不知道。设立了法令却有人违犯，这是君主的不足，官吏们触犯了教令让君主知道后，就是官吏们的灾祸了。君主在上面有劣政，官吏们在下面造成灾祸，这是政事得不到治理的原因。大家能不以此自勉吗？”于是他下属的官吏们没有不以此勉励自己的。门下循行官曾经怀疑门干偷了发簪，门干的说法与此不相符，曹掾就把他抓来判罪。司马芝下令说：“凡是事物都有相似得难以分别的，如果没有离娄那样的眼力，很少能不受迷惑。即使真是门干偷的，循行官怎么会忍心把一个簪子看得那么重，却把伤害自己的同类看得很轻呢？这件事放下不要再审问了。”
执法公正
公元226年（黄初七年），魏明帝继位，赐给司马芝关内侯的爵位。不久，特进曹洪的奶妈当，和临汾公主的侍者共同祭祀了无涧神，被关进监狱。卞太后派遣黄门官到官府中传达她的命令。司马芝不让通报，当即下令让洛阳监狱把这二人拷打至死，然后上奏章说：“凡是应该判处死刑的罪犯，按理都应该先上表奏明，等候圣上批复。以前圣上下制书命令禁止淫把，以端正风俗。现在这些犯人兴妖作怪的罪行，刚刚审讯出供词。黄门官吴达就来见臣下，传达太皇太后的命令。臣下不敢接见使者，害怕命令中有救援保护犯罪者的意思，这个命令让圣上听到后，就会不得已下令把犯人们保护起来。这一切又都是由于臣没有尽早把事办完，就是臣下的罪过了。因此臣冒犯了日常的规定制度，马上命令洛阳县把她们拷打死了。臣下擅自施行了刑戮，谨等候圣上予以诛罚。”魏明帝亲笔批复说：“看了你的奏章，已经了解了你的真心。你想要奉行禁止淫祀的诏书，所以权宜从事，做得对啊！这是你奉行诏书的诚意，有什么可谢罪的呢？以后黄门官再去你那里，千万不要接见。”司马芝作了十一年官，多次评议那些法令律条中不便施行的条款。他处在公卿中间，都根据正道办事。正赶上各位亲王来朝见，和京城里的人交结，司马芝因此被免官。
以农为本
后来，司马芝任大司农。在此之前，各地典农属下的吏员和百姓，纷纷从事商贩行业，以此谋求利益。司马芝上奏说：“王者的治国方法，崇尚农耕本业，抑制商贩这些末梢的行业，发展农业，重视粮食。《王制》记载：‘没有三年的粮食储备，国家就不成为国家了。’《管子·区言》中说要把积存粮食作为首要事务。现在吴、蜀地的贼人还没有被消灭，战争不断，国家最重要的事务就是储备粮食和布帛。武皇帝特地创设了屯田的官员，专门从事农桑事业。建安年间，天下的仓库都装满了，老百姓也家家殷实富足。自从黄初年以来，允许各典农官自己发展经济，他们纷纷给自己的部下打算，这实在不是创立国家大业所应有的作法。王者把四海之内作为自己的家。所以《论语》上说：‘百姓不富足，国君哪能够富足呢？’富足的原因，在于不误天时而且能克尽地力。如今商贾们经商谋利，虽然能得到成倍的明显利润，但对于统一天下的大计却已造成了无法估量的损失，还不如去多开垦一亩田地，增加收益。农民从事田间耕作，从正月里耕地播种起，锄地耘田，修整桑树，放火烧荒，种麦、修打谷场，收割庄稼，到十月才完毕。然后修整谷仓，绑起浮桥，运输租赋，修平道路，架设桥梁，粉刷居室，堵塞墙缝，一年里没有一天不从事农业劳动。现在各位典农官都说‘留下的人给外出经商的人代干田里的农活，替他们服劳役。形势逼迫下不得不这样做。想不荒废农耕，就应该让我们平素留有余力。’臣下的愚见是，不应该再用商贩的杂事来扰乱农业，要专门把农耕蚕桑当作要事，从国家大业考虑，这样才是方便有利的。”魏明帝听从了他的意见。
体贴下属
每当上级官员有事要召见询问，司马芝经常先约见掾史，替他判断上司的想法和事情的缘故，教他怎样回答应付，召见时果然全和他料想的一样。司马芝性情豁亮正直，不以严格廉正自矜。他和宾客们谈论时，有认为不对的，就当面指出他们的短处，回来后再没有什么别的怪话。司马芝在任职期间死去，家里没有一点多余的财产。自从魏国建立以来，历任河南尹中没有一个人能比得上司马芝。
有子若父
司马芝死后，他的儿子司马岐继承了他的爵位。司马岐由河南丞改任廷尉正，再改任陈留相。梁郡有些关在狱里的囚徒，审案时的供辞牵涉到很多人，好几年都不能结案。朝廷下诏书指示把牢狱里关的这些囚犯迁到司马岐所属的县里来，让司马岐审理并了结此案。当时县里的官吏请求预先置备一些狱中应用的刑具。司马岐说：“如今有几十名囚犯，他们的供辞虚伪狡诈，相互不符合，而且他们也对毒刑拷打感到厌倦了。这个案情很容易弄清，难道还要再把他们长久地关在牢狱中吗？”囚犯被押到后，在审问时，谁也不敢隐瞒和说假话。司马岐只用一天功夫就把案子处理完了，因此，被越级升为廷尉。
当时大将军曹爽专权，尚书何晏、邓飏等人给他做羽翼，辅佐他。南阳人圭泰曾用言语触犯他们，因此被绑起来拷打，送交廷尉官署。邓飏亲自审讯，准备把圭泰判处重刑。司马岐指责邓飏说：“国家中执掌枢密机要的大臣，是王室的重要辅弼，既不能辅弼皇上的教化，形成德政，和古代的圣贤比美，反而要尽情发泄私愤，冤枉无辜的人。这不是让百姓感到恐惧不安，还会是什么呢？”邓飏十分羞愧，恼怒地离开了。司马岐终究害怕长久这样会招致罪过，就以有病为理由离职。他回家以后，不到一年就死了，享年三十五岁。他的儿子司马肇继承了爵位。
历史评价
陈寿：“芝性亮直，不矜廉隅。与宾客谈论，有不可意，便面折其短，退无异言。卒於官，家无余财，自魏迄今为河南尹者莫及芝。”“司马芝忠亮不倾，庶乎不吐刚茹柔。”
杨俊：“芝虽夙望不及朗，实理但有优耳。”
性格特征
• 司马芝为人孝顺，在与母亲到荆州逃难时在鲁阳山遇贼，当时的人都弃下老弱者逃跑，而司马芝却留下保护母亲，更叩头请盗贼不要伤害他和母亲。盗贼因而被感动，没有伤害他们。
• 司马芝十分爱护下属，不但教下属要如何任官，而且在上级召问他们时，先为他们推断召问的缘故，并且教他们应如何对答。而最后事情都一如司马芝所想一样。
• 司马芝个性豁亮正直，不因自己端状不苟而自矜。他和宾客谈论时，听到觉得不对的就当面指出他们的错处，但其后却不会再批评或嘲笑他们。
家族成员
妻：董氏（董昭侄女）
子：司马岐
孙：司马肇